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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000445

染色体: Chr07 坐标: 3108209-3115885 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000445
名称SmilChr07G000445
描述sodium/hydrogen exchanger 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3108209 - 3115885 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991636
GeneID130991636
locus_tag-
NCBI NameLOC130991636
原始查询SmilChr07G000445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sodium/hydrogen exchanger 1-like
产物sodium/hydrogen exchanger 1-like
ArabidopsisAT3G05030 (NHX2)
sodium hydrogen exchanger 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819665]
identity=74.3; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0666900 (NHX1)
-
identity=75.4; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006814 (sodium ion transport); GO:0006885 (regulation of pH); GO:0015385 (sodium:proton antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00999 (Na_H_Exchanger)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057771934.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057771934.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771934.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771934.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771934.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3108872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C72
Chr7:3108913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B82,B93,D10
Chr7:3109951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:3110333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:3110844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:3111534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:3111987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,D2
Chr7:3114478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771934.1
558 aa
N
1
279
558
Na_H_Exchanger
C
PF00999 Na_H_Exchanger 39-446 aa
XP_057771935.1
558 aa
N
1
279
558
Na_H_Exchanger
C
PF00999 Na_H_Exchanger 39-446 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771934.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 39 446 2.6e-58 198.4 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
XP_057771935.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 39 446 2.6e-58 198.4 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915952.1
GTATCTATTCTTATCATGGACCCTCCGTTTCTCTGTCGATTTCCCCCCCGTCTCTCCCTCTCTCCTCTCTCACACACCACACGCGGTCTTCTCTCTCTCTTTCCACAATTTTGCTTTTATAAGCGCTGATTCCGTGAATTCTGGTGGATATTGTTTCGACGCAGTTTTCGAATTCGTTGTACTGGTGGAGACTCTTCTGGAATCTTCAATCCGTGATACAAACTCTTTGTTTTCCTTTTCTCCTCCTCAATTTAGCAAGC...
XM_057915951.1
CATGGACCCTCCGTTTCTCTGTCGATTTCCCCCCCGTCTCTCCCTCTCTCCTCTCTCACACACCACACGCGGTCTTCTCTCTCTCTTTCCACAATTTTGCTTTTATAAGCGCTGATTCCGTGAATTCTGGTGGATATTGTTTCGACGCAGTTTTCGAATTCGTTGTACTGGTGGAGACTCTTCTGGAATCTTCAATCCGTGATACAAACTCTTTGTTTTCCTTTTCTCCTCCTCAATTTAGCAAGCTGAGGAAAGAGCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991636
ATGATGGACAGCATGAGTCTTGACCCGAAAGCTATGTTAGGGACAATGGATGGTTTGGGAACCTCTGATCACGCCTCGGTGGTCTCGATAACCTTATTTGTAACTCTCCTGTGTGCATGTATTGTGATTGGTCATCTATTGGAGGAAAATCGTTGGATGAACGAATCTATTACAGCCCTCATAATTGGTGTAGCGACTGGAGTTATAATTCTGCTAATAAGTAGTGGGACGAGCTCACATCTCTTGGTGTTCAATGAGGA...
LOC130991636
ATGATGGACAGCATGAGTCTTGACCCGAAAGCTATGTTAGGGACAATGGATGGTTTGGGAACCTCTGATCACGCCTCGGTGGTCTCGATAACCTTATTTGTAACTCTCCTGTGTGCATGTATTGTGATTGGTCATCTATTGGAGGAAAATCGTTGGATGAACGAATCTATTACAGCCCTCATAATTGGTGTAGCGACTGGAGTTATAATTCTGCTAATAAGTAGTGGGACGAGCTCACATCTCTTGGTGTTCAATGAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771934.1
MMDSMSLDPKAMLGTMDGLGTSDHASVVSITLFVTLLCACIVIGHLLEENRWMNESITALIIGVATGVIILLISSGTSSHLLVFNEDLFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFMTIVMFGALGTLISFITISLGAIAIFEKMNIGLAIGDYLAIGAIFAATDSVCTLQVLNQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSVVLFNAVQNFDLSNINTSVVLGLIGTFFYLFISSTVLGVVTGLLSAYVIKKLYFGRHSTDREVAIM...
XP_057771935.1
MMDSMSLDPKAMLGTMDGLGTSDHASVVSITLFVTLLCACIVIGHLLEENRWMNESITALIIGVATGVIILLISSGTSSHLLVFNEDLFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFMTIVMFGALGTLISFITISLGAIAIFEKMNIGLAIGDYLAIGAIFAATDSVCTLQVLNQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSVVLFNAVQNFDLSNINTSVVLGLIGTFFYLFISSTVLGVVTGLLSAYVIKKLYFGRHSTDREVAIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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