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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000449

染色体: Chr07 坐标: 3164387-3169700 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000449
名称SmilChr07G000449
描述putative protease Do-like 14
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3164387 - 3169700 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991642
GeneID130991642
locus_tag-
NCBI NameLOC130991642
原始查询SmilChr07G000449

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative protease Do-like 14
产物putative protease Do-like 14
ArabidopsisAT5G27660 (DEG14)
Trypsin family protein with PDZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832828]
identity=29.6; qcov=0.746; evalue=7.07e-33; confidence=low
RiceOs01g0278600 (OsDegp1)
-
identity=31.6; qcov=0.784; evalue=2.17e-43; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13180 (PDZ_2); PF13365 (Trypsin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771948.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057771948.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057771948.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771948.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771948.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3164638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:3164727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B76,C25,C53
Chr7:3164760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C58
Chr7:3165646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B69
Chr7:3165659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B68,C82
Chr7:3165664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B15,C37
Chr7:3167309 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 36 A16,A5,B100,B110,B120,B138,B140,B22,B26,B31,B36,B47,B55,B60,B63,B82,B86,C10,C14,C15,C19,C22,C23,C4,C43,C5,C52,C56,C58,C65,C75,C76,C77,D11,D3,D9
Chr7:3167313 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 36 A16,A5,B100,B110,B120,B138,B140,B22,B26,B31,B36,B47,B55,B60,B63,B82,B86,C10,C14,C15,C19,C22,C23,C4,C43,C5,C52,C56,C58,C65,C75,C76,C77,D11,D3,D9
Chr7:3167398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:3167572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:3167784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B13,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771948.1
453 aa
N
1
226
453
Trypsin_2
PDZ_2
C
PF13365 Trypsin_2 82-243 aa PF13180 PDZ_2 298-371 aa
XP_057771949.1
453 aa
N
1
226
453
Trypsin_2
PDZ_2
C
PF13365 Trypsin_2 82-243 aa PF13180 PDZ_2 298-371 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771948.1 Pfam PF13365 Trypsin_2 Domain 82 243 1.9e-08 35.9 Trypsin-like peptidase domain
XP_057771948.1 Pfam PF13180 PDZ_2 Domain 298 371 7e-07 30.1 PDZ domain
XP_057771949.1 Pfam PF13365 Trypsin_2 Domain 82 243 1.9e-08 35.9 Trypsin-like peptidase domain
XP_057771949.1 Pfam PF13180 PDZ_2 Domain 298 371 7e-07 30.1 PDZ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915965.1
AAATGTGAAATTAGGCACTAACCGCCGCTCGCCGCGTCTTCTGCACTCCATTCGACAAAGCGGCGCCATTTCTGAAGTTCAAATTGGCAGACGCAAGCTCACGGTCTCTTCCGCGCTAGGGCATCGCAGTAGCGTGAAAATTGAAACCTCCCCCAAGTCCCATCCACCCGCCGCGGCCCCTCTGCCTCCCACCCACCCGCCGTCTGAGCCGCGCCGCCGTCCGCCGTCCGAGCCGCGCCCCTCTGCTCAGTGCTCACCCG...
XM_057915966.1
TAACCGCCGCTCGCCGCGTCTTCTGCACTCCATTCGACAAAGCGGCGCCATTTCTGAAGTTCAAATTGGCAGACGCAAGCTCACGGTCTCTTCCGCGCTAGGGCATCGCAGTAGTAGTCCAAGTAATTGTGTTCGAGGATAATGAATTATTTCAGGATTGAATCTGATCAGCGCATGAGGAGGAGGAATGAAACCAATGTATGGCAGAGTGATCCTAAAGATAGTTTTCAAAGAGAATCATGGGATGCAAACAATTGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991642
ATGAATTATTTCAGGATTGAATCTGATCAGCGCATGAGGAGGAGGAATGAAACCAATGTATGGCAGAGTGATCCTAAAGATAGTTTTCAAAGAGAATCATGGGATGCAAACAATTGTTTCGAGAGTTTCCGTATCTTGAAAGTCAATAACAATTTGGACATATATGCTAAAAGAGCTAGCTTGAGTGTTGCTCCTGCCGTCGTAGCGATACGAGTTTATTCAGGTGAAAGGGCCGTATGTGTGGGTTCAGGGTTCATCTT...
LOC130991642
ATGAATTATTTCAGGATTGAATCTGATCAGCGCATGAGGAGGAGGAATGAAACCAATGTATGGCAGAGTGATCCTAAAGATAGTTTTCAAAGAGAATCATGGGATGCAAACAATTGTTTCGAGAGTTTCCGTATCTTGAAAGTCAATAACAATTTGGACATATATGCTAAAAGAGCTAGCTTGAGTGTTGCTCCTGCCGTCGTAGCGATACGAGTTTATTCAGGTGAAAGGGCCGTATGTGTGGGTTCAGGGTTCATCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771948.1
MNYFRIESDQRMRRRNETNVWQSDPKDSFQRESWDANNCFESFRILKVNNNLDIYAKRASLSVAPAVVAIRVYSGERAVCVGSGFILECNEQFQATILTSGTLFTAHDNLRVVVVLPNRDLCLGVVEVCDFHLNLAIVRIQAAQLLPCAKLGRIKDSVILNSATTSWQLRPQCDQSSVLLPGHKLMALGRHQDRMRDFMAAPGELSIEDCGFDCKELFYSTCRITKSGIGGPMINQEGEVVGVNFFHVNFTPFLPINIIT...
XP_057771949.1
MNYFRIESDQRMRRRNETNVWQSDPKDSFQRESWDANNCFESFRILKVNNNLDIYAKRASLSVAPAVVAIRVYSGERAVCVGSGFILECNEQFQATILTSGTLFTAHDNLRVVVVLPNRDLCLGVVEVCDFHLNLAIVRIQAAQLLPCAKLGRIKDSVILNSATTSWQLRPQCDQSSVLLPGHKLMALGRHQDRMRDFMAAPGELSIEDCGFDCKELFYSTCRITKSGIGGPMINQEGEVVGVNFFHVNFTPFLPINIIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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