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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000454

染色体: Chr07 坐标: 3202805-3206835 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000454
名称SmilChr07G000454
描述probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3202805 - 3206835 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991646
GeneID130991646
locus_tag-
NCBI NameLOC130991646
原始查询SmilChr07G000454

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
产物probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
ArabidopsisAT1G54610 (AT1G54610)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841903]
identity=67; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0367700 (Orysa)
-
identity=75.3; qcov=0.816; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000307 (cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex); GO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0008353 (RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity); GO:0032968 (positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991646

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771953.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057771953.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057771953.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057771953.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771953.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3203139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:3203270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:3203315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:3203348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B53
Chr7:3203886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:3204474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B4,B69
Chr7:3204492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:3204507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:3204953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:3204959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr7:3205094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C4
Chr7:3205159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771953.1
586 aa
N
1
293
586
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 131-414 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 133-342 aa
XP_057771954.1
586 aa
N
1
293
586
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 131-414 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 133-342 aa
XP_057771955.1
586 aa
N
1
293
586
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 131-414 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 133-342 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771953.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 131 414 5.7e-66 223.3 Protein kinase domain
XP_057771953.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 133 342 4e-30 105.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057771954.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 131 414 5.7e-66 223.3 Protein kinase domain
XP_057771954.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 133 342 4e-30 105.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057771955.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 131 414 5.7e-66 223.3 Protein kinase domain
XP_057771955.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 133 342 4e-30 105.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915970.1
GTAAACATTTTTCATTTCGCTCCCGGCCAAAAAATCTGTCTGCACTCTCTCTCTCTCTCTCAAATCCCTCTCTCTCGCATCTTATGTGTTCAAAGAAACAGTAAGCGCAGATCTGCTGCTTGATCGTTTTCTCCACTTCATATTTTCGTATCAATACAAAAAACCAAACTAAACAGTGAGGAATTTTCCTTTTGCATAAGCTCACTGTGATCTTTTCTTCAATCCCAAACAAAGCAGAGTTCAATCAAACTATTTAAGCA...
XM_057915971.1
TTCATTTCGCTCCCGGCCAAAAAATCTGTCTGCACTCTCTCTCTCTCTCTCAAATCCCTCTCTCTCGCATCTTATGTGTTCAAAGAAACAGTAAGCGCAGATCTGCTGCTTGATCGTTTTCTCCACTTCATATTTTCGTATCAATACAAAAAACCAAACTAAACAGTACTGAGATATGAGAGTTAGGGTTATTGCGAAATGGGGTGTGTATTCGGGAAAGAGATTTCGTCGTCTGAGCGAGCTAGTGGCGATGTAGCTGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991646
ATGGGGTGTGTATTCGGGAAAGAGATTTCGTCGTCTGAGCGAGCTAGTGGCGATGTAGCTGGAAAGGGGAGAAGTAAAGGGGAAGAGAGAGATTCTGAGAGGAGAGAGAAAGTAGTTGTTGGATCAGTAAATAAATCAGAAGGAGAGGCTGCTAGTGGTGGTGATGGTGGAGGTCAAGTCCCGAATGGCAGGGATAAGAAGGAGGAGAGGAAGGAAGAGAATGCTCGACAGCCGAGAGGCGAGAGGAGACGGTCTAGGCC...
LOC130991646
ATGGGGTGTGTATTCGGGAAAGAGATTTCGTCGTCTGAGCGAGCTAGTGGCGATGTAGCTGGAAAGGGGAGAAGTAAAGGGGAAGAGAGAGATTCTGAGAGGAGAGAGAAAGTAGTTGTTGGATCAGTAAATAAATCAGAAGGAGAGGCTGCTAGTGGTGGTGATGGTGGAGGTCAAGTCCCGAATGGCAGGGATAAGAAGGAGGAGAGGAAGGAAGAGAATGCTCGACAGCCGAGAGGCGAGAGGAGACGGTCTAGGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771953.1
MGCVFGKEISSSERASGDVAGKGRSKGEERDSERREKVVVGSVNKSEGEAASGGDGGGQVPNGRDKKEERKEENARQPRGERRRSRPNPRLSNPPKNIHGEQVAAGWPSWLSAVAGEAINGWTPRRADSFVKIDKIGQGTYSNVYKAKDAITGKVVALKKVRFDNLEPESVRFMAREILILRRLDHPNVVKLQGLATSRMSCSLYLVFDYMEHDLAGLVSSPGIKFTEPQVKCYMNQLLSGLEHCHNRHVLHRDIKGSNL...
XP_057771954.1
MGCVFGKEISSSERASGDVAGKGRSKGEERDSERREKVVVGSVNKSEGEAASGGDGGGQVPNGRDKKEERKEENARQPRGERRRSRPNPRLSNPPKNIHGEQVAAGWPSWLSAVAGEAINGWTPRRADSFVKIDKIGQGTYSNVYKAKDAITGKVVALKKVRFDNLEPESVRFMAREILILRRLDHPNVVKLQGLATSRMSCSLYLVFDYMEHDLAGLVSSPGIKFTEPQVKCYMNQLLSGLEHCHNRHVLHRDIKGSNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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