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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000465

染色体: Chr07 坐标: 3271460-3272806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000465
名称SmilChr07G000465
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3271460 - 3272806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993055
GeneID130993055
locus_tag-
NCBI NameLOC130993055
原始查询SmilChr07G000465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=29.7; qcov=0.984; evalue=2.35e-60; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=38; qcov=1.06; evalue=2.3e-96; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773758.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773758.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057773758.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773758.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773758.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3271504 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 40 A10,A11,A22,A6,A7,B10,B100,B102,B105,B115,B120,B127,B129,B130,B18,B21,B30,B49,B50,B74,B79,B87,B99,C24,C30,C33,C36,C4,C50,C51,C63,C67,C71,C73,C75,C81,C82,D10,D3,D9
Chr7:3271559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B90,B92,C3,C59
Chr7:3271585 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B124,D1
Chr7:3271585 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B124,D1
Chr7:3271685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D9
Chr7:3271826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:3271836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B45
Chr7:3271889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,D11
Chr7:3272098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:3272108 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 58 A1,A10,A5,A6,B11,B115,B117,B12,B120,B123,B127,B13,B134,B139,B14,B16,B20,B31,B34,B35,B42,B43,B48,B51,B55,B61,B64,B65,B66,B67,B72,B85,B87,B91,B93,B94,C28,C3,C31,C34,C35,C37,C40,C43,C45,C47,C52,C58,C62,C63,C64,C65,C66,C70,C71,C75,C83,D5
Chr7:3272111 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 55 A1,A10,A5,A6,B11,B115,B117,B12,B120,B123,B127,B13,B134,B139,B14,B16,B20,B34,B35,B42,B43,B48,B5,B51,B55,B61,B64,B65,B67,B72,B85,B87,B91,B93,B94,C28,C3,C31,C34,C35,C37,C40,C43,C45,C47,C52,C58,C63,C64,C65,C66,C70,C71,C83,D5
Chr7:3272176 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B111,B71,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773758.1
441 aa
N
1
220
441
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 311-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773758.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 311 395 9.5e-14 51.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917775.1
CAACAAACCTTCAAAATCCTGATGTTCCCATGGTTAGCTCACGGCCACATCTTCCCATACCTCCAGCTCTCCAAACACCTCTCCTCCACCCCCCACTTCACCACCTACCTCTGCTCCACCGCCGTCAACCTCACCTCCATCACCTCCGCCGCCGCCGCCGCACAACCTCACCTAATCGAGCTTCACATGCCCTCCCCCCCCGAGCTCCCCCCTCACCTCCACACCACCAAGAACCTCCCCTCCCACCTCCTCCCCACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993055
ATGTTCCCATGGTTAGCTCACGGCCACATCTTCCCATACCTCCAGCTCTCCAAACACCTCTCCTCCACCCCCCACTTCACCACCTACCTCTGCTCCACCGCCGTCAACCTCACCTCCATCACCTCCGCCGCCGCCGCCGCACAACCTCACCTAATCGAGCTTCACATGCCCTCCCCCCCCGAGCTCCCCCCTCACCTCCACACCACCAAGAACCTCCCCTCCCACCTCCTCCCCACCCTCATCAAATCCTTCCAAGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773758.1
MFPWLAHGHIFPYLQLSKHLSSTPHFTTYLCSTAVNLTSITSAAAAAQPHLIELHMPSPPELPPHLHTTKNLPSHLLPTLIKSFQESTSSFSQILQTLNPDLLIFDVFQPWAPKLASSMGIPSVYFSTSGASSISYLHHLHTFGSPAGFPFPALSLPEAEIARMRSPVRPNIKEADEDYPFGNYRVSTDIALVKSSRYVEEKYVNYLSSLCKKEIVCTGALIASDDAEERDDQFKVIEWLDEREVGSTIYISFGSECFLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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