Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000467

染色体: Chr07 坐标: 3280712-3283468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000467
名称SmilChr07G000467
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3280712 - 3283468 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991660
GeneID130991660
locus_tag-
NCBI NameLOC130991660
原始查询SmilChr07G000467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
产物beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=31.2; qcov=1; evalue=2.67e-58; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=42.8; qcov=1.05; evalue=5.26e-115; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF06722 (EryCIII-like_C); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771974.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771974.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771974.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771974.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3280836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,D11
Chr7:3280953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B110,C39
Chr7:3280965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,C78,D2
Chr7:3280983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C15
Chr7:3280999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr7:3281004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:3281010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:3281016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B138
Chr7:3281017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:3281019 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 26 A1,A8,B104,B105,B108,B110,B113,B114,B129,B27,B34,B53,B6,B72,C16,C41,C50,C53,C63,C67,C73,C75,C87,C9,D1,D7
Chr7:3281020 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 26 A1,A8,B104,B105,B108,B110,B113,B114,B129,B27,B34,B53,B6,B72,C16,C41,C50,C53,C63,C67,C73,C75,C87,C9,D1,D7
Chr7:3281038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771974.1
440 aa
N
1
220
440
Glyco_transf_N
UDPGT
EryCIII-like_C
C
PF26168 Glyco_transf_N 7-226 aa PF00201 UDPGT 252-400 aa PF06722 EryCIII-like_C 319-419 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771974.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 7 226 1e-10 42.7 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057771974.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 252 400 8.6e-15 55.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase
XP_057771974.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 319 419 3e-08 34.5 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915991.1
AAAGAAATGTGTGAAGACTTCATATATAGTTCATCAATAGTTTCCATATTGATACCTCCCAGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTTGATCAATGGAGGCAAAGCAAGCAAGTCTGTCGATCCTAATGTTCCCATGGCTAGCCCATGGCCATGTCTTCCCCTACCTCGAGCTAGCCAAGAACCTCTCGAAGCTAAACTTCACCATCTTCCTCTGCTCCACTCCCATCATCCTCCAATCCCTCCCCGACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991660
ATGGAGGCAAAGCAAGCAAGTCTGTCGATCCTAATGTTCCCATGGCTAGCCCATGGCCATGTCTTCCCCTACCTCGAGCTAGCCAAGAACCTCTCGAAGCTAAACTTCACCATCTTCCTCTGCTCCACTCCCATCATCCTCCAATCCCTCCCCGACCACCGCCACATCCCGATCACCCTCGTCCCCCTCCACCTCCCCTCCCCGCCGGACCTCCCGCCAGAGCTCCACACCACCAAGCACGCGCCGCCCCACCTCATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771974.1
MEAKQASLSILMFPWLAHGHVFPYLELAKNLSKLNFTIFLCSTPIILQSLPDHRHIPITLVPLHLPSPPDLPPELHTTKHAPPHLMPRLHEAFHASKAAFSAIVASLSPSMLIYDCFQAWAAAALNIPAVHFATTGAAAYSFYYHHLTRKGSPFPHDAMYLHRHELAARRVTTSDFDVENLDNGLPSFNRSRDVVLMKTSPAIEGKYMDYLSQLCNKKILALGPLITTASDNGGHDSDIMDWLSKKERFSTIFISFGSEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器