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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000468

染色体: Chr07 坐标: 3284429-3290968 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000468
名称SmilChr07G000468
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3284429 - 3290968 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991662
GeneID130991662
locus_tag-
NCBI NameLOC130991662
原始查询SmilChr07G000468

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=30.1; qcov=0.998; evalue=1.22e-65; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=38.3; qcov=1.04; evalue=7.36e-103; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991662

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771976.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771976.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771976.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771976.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3284603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B27,B45
Chr7:3284607 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C3
Chr7:3284607 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 1 C3
Chr7:3284652 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 27 A1,A10,A19,A23,B100,B101,B103,B107,B109,B133,B17,B46,B54,B69,B84,B86,B98,C16,C46,C49,C54,C55,C60,C87,D1,D3,D9
Chr7:3284671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B70
Chr7:3284681 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A1,A10,A19,A23,B100,B101,B107,B109,B133,B17,B33,B46,B81,B84,B86,B98,C49,C55,C60,D1,D9
Chr7:3284765 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B106,B8,C3,C7
Chr7:3284765 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 B106,B8,C3,C7
Chr7:3284768 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B106,B8,C3,C7
Chr7:3284768 C CG 1bp_insertion CDS_variant 4 B106,B8,C3,C7
Chr7:3284779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B136
Chr7:3284871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B23,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771976.1
453 aa
N
1
226
453
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 247-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771976.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 247 410 1.6e-20 74.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915993.1
TCATTCAGTAAAGATATGTGCGAAGACTTCATGTGTAGTTCATCAATATTTTCTACATTGATACCTCAAAACTTCTGTAACTAAAAATCTCAAAACCTTTGATTGATCAGAGCAGCTCCAAAAATGGAAACACAAGTTTCTAGATTTAGTATTCTCATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATATATTTCCATTTCTAGAGCTAGCCAAAGCCATCTTGCACAGAAAAAACCTGCACATATACTTGTGTTCAACATCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991662
ATGGAAACACAAGTTTCTAGATTTAGTATTCTCATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATATATTTCCATTTCTAGAGCTAGCCAAAGCCATCTTGCACAGAAAAAACCTGCACATATACTTGTGTTCAACATCCATCAATTTTGATTCCATCAACAAACACGCGTTACACGGCTCAATCGAGCTAGTAGAGATCCATCTAGAACCATCTCAAGATCTCCCTCCTGACCACCTCACCACCAAGAACCTGCCTCCATCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771976.1
METQVSRFSILMFPWLAHGHIFPFLELAKAILHRKNLHIYLCSTSINFDSINKHALHGSIELVEIHLEPSQDLPPDHLTTKNLPPSLMPSLLKAFQTSYTSFSDIISTLKPDLVLYDYFQPWSAKIAASQGIPAVHFSIYGATAYSLVHHKQTFGEAEVPFPGIKFEGHKLQEICDVLASLCSIIHDLDDQDFLFGNIKQSCDLVLMKTSRGVEGKYIDYLSTLSGKKIVPVGPLITHTTQNNQEQSYIIEWLSKKSQHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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