Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000473

染色体: Chr07 坐标: 3310972-3312363 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000473
名称SmilChr07G000473
描述uncharacterized SmilChr07G000473
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3310972 - 3312363 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991667
GeneID130991667
locus_tag-
NCBI NameLOC130991667
原始查询SmilChr07G000473

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771981.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771981.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771981.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771981.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771981.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3311146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:3311256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C5
Chr7:3311290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B35
Chr7:3311327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B24,C80
Chr7:3311357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C17,D7
Chr7:3311388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C5
Chr7:3311461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B131,B56,B8,B96
Chr7:3311546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C71
Chr7:3311554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:3311595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C74
Chr7:3311720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B80
Chr7:3311901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915998.1
CGGAAAAACCGGTGCCTTCACCCTTTTAAACCAGAACAAAATTGTAGGAAGAAACTCCCAAGAGAAATCAGAGGAAAAAAAAAATCACCATTTTCCTCTCATTTCTCTTTCTTTTCCATAATTCAAGAATCCATTTTTCACTCTCATCCACATAAAAAACACACACAAAATGGGCTGTGGAGAATCAAAGCACGCTGTTGCAACACAAAACACCATCACCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAGGAGCATCAAAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991667
ATGGGCTGTGGAGAATCAAAGCACGCTGTTGCAACACAAAACACCATCACCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAGCAGGAGCATCAAAAACCAAGAAACAAAAGCTCCTGAAATCCCCCAAAATGGTGGAAACGTGGCTGCAAATGCTGTCAAGGATTCAGAGAGTTTGAAGAAGAATGAAATCCAAGCTGCTGAGATCTCCAAGAAGATAGAATCCGAGGTTAAGGCCGAGGAAGGAGATGTCAAGAGAGAGGAGGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771981.1
MGCGESKHAVATQNTITKSKSKSKSRSIKNQETKAPEIPQNGGNVAANAVKDSESLKKNEIQAAEISKKIESEVKAEEGDVKREEAAAVVEVVQEKKEEIIKNEELKEEKKEEVKADVEERESAAATEVVQEREEEIKNEGLKEEKRDEVKADQEEKEEVVSQQVEDESSSCANEKISEEKNDVVEAVGKDADEGNAEKEEGLKVEESKELEQETKPSAEEKKPADQNEAGDAAAPPADVKAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器