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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000476

染色体: Chr07 坐标: 3324682-3330200 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000476
名称SmilChr07G000476
描述serine/threonine-protein kinase PBL27
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3324682 - 3330200 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991669
GeneID130991669
locus_tag-
NCBI NameLOC130991669
原始查询SmilChr07G000476

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase PBL27
产物serine/threonine-protein kinase PBL27
ArabidopsisAT5G18610 (AT5G18610)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831979]
identity=76; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0936100 (OsRLCK55)
-
identity=69.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771984.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771984.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771984.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771984.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771984.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3325260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:3325261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C74
Chr7:3325302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C55
Chr7:3325325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B120,B16,B61,D2
Chr7:3325330 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 136 A11,A14,A15,A16,A19,A20,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A7,A8,B1,B100,B103,B105,B106,B108,B109,B112,B113,B12,B121,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B15,B18,B19,B22,B23,B25,B26,B29,B3,B32,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B48,B50,B51,B55,B59,B6,B62,B63,B68,B70,B71,B73,B75,B76,B77,B8,B81,B83,B85,B86,B87,B89,B97,B98,B99,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C20,C22,C23,C24,C25,C28,C30,C31,C32,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C53,C56,C57,C58,C60,C61,C62,C64,C66,C69,C70,C72,C73,C77,C78,C81,C84,C85,C87,C9,D1,D2,D6,D7,D8,D9
Chr7:3325337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C55
Chr7:3325395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C61
Chr7:3325436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,B97,C33,C46,D7
Chr7:3325490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B24,C80
Chr7:3325512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:3325514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B24,C80
Chr7:3325553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771984.1
515 aa
N
1
258
515
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 90-298 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 91-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771984.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 90 298 5.4e-45 154.6 Protein kinase domain
XP_057771984.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 91 297 1.8e-46 159.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916001.1
TAACATTTCTTTATTTCCACACAATTCACATTCACATACATGAAAATTATTCTGTCATCTTAATTGCAATTTTTTTCGCTTCTTTTTTCCGTTTCTTTAACTTTTTCATCTCTTTCTTTACCTTTCTCTTGAACAATCAAGATTTTCCTCGATTTGTTGATCTGCTTTTACCTCAAAACGAGCTCTTGGTTGATCTCTACTCTCGGAAATATTGGGGCTGTGATGAGCTGCTTATGGCCGAAATTCTCAATCAGAAGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991669
ATGAGGTGTTTTTCCTGCTTCGGATCATCGAAGAAGGAAGGAAATAATGGTGGCAATGGAGACAAAGAAGAGTCAAAGAAGGATTCTGCTAAAGAGGGCTCATCAGCTCAGTCCAATTCCAATGTAAATAGAGTGAATTCAGATAAATCAAGATCTCGGACTGGTAATGATTCTAAGAAGGAAATGCCAATATCGAAAGAGCCAAATATAGCTGCTCAAACATTCACATTTCGCGAGCTTGCTGCAGCAACAAAGAACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771984.1
MRCFSCFGSSKKEGNNGGNGDKEESKKDSAKEGSSAQSNSNVNRVNSDKSRSRTGNDSKKEMPISKEPNIAAQTFTFRELAAATKNFRPESLLGEGGFGRVYKGRLESTGQSVAVKQLDRNGLQGNREFLVEVLMLSLLHHPNLVNLIGYCADGDQRLLVYEYMPLGSLEDHLHDLPPDKEPLDWNTRMKIAAGAAKGLEYLHDKANPPVIYRDLKSSNILLDDGYFPKLSDFGLAKLGPVGDKTHVSTRVMGTYGYCAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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