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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000479

染色体: Chr07 坐标: 3352596-3353283 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000479
名称SmilChr07G000479
描述monothiol glutaredoxin-S5-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3352596 - 3353283 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991672
GeneID130991672
locus_tag-
NCBI NameLOC130991672
原始查询SmilChr07G000479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述monothiol glutaredoxin-S5-like
产物monothiol glutaredoxin-S5-like
ArabidopsisAT4G15690 (AT4G15690)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827246]
identity=74.5; qcov=1; evalue=3.98e-55; confidence=high
RiceOs01g0368900 (OsGRX4)
-
identity=55.3; qcov=1.01; evalue=2.05e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00462 (Glutaredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991672

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771990.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771990.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771990.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771990.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3352701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:3352731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:3352892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B84,B88,C36
Chr7:3352946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C10,C14,C65,C83
Chr7:3352988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771990.1
102 aa
N
1
51
102
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 13-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771990.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 13 75 9e-15 55.4 Glutaredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916007.1
TCAAAACAAAACTTCCCTACACATACAAATTACAAAGCATCATCAAGTATTTTTCTTGCACATTTTGAAGCATTCAATCATTATATATATATCACAATGGAGAGAGTGAACAAAATGGTGTCCGAGAAGCCAATTGTGATCTTTAGCAAGACGGAATGTTGCATGAGCCACACCATCAAGTCCCTCTTCTATGATTTTGGAGTCAACCCTACGATTTATGAGCTCGACGAGATGCCGTGGGGCCAAGAGATCGAGCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991672
ATGGAGAGAGTGAACAAAATGGTGTCCGAGAAGCCAATTGTGATCTTTAGCAAGACGGAATGTTGCATGAGCCACACCATCAAGTCCCTCTTCTATGATTTTGGAGTCAACCCTACGATTTATGAGCTCGACGAGATGCCGTGGGGCCAAGAGATCGAGCAAGCGCTGCTGCGGCTGGGTTGCACCCAGACCGTGCCAGCGGTGTTCATAGGTGGCGAGTTTGTGGGCGGAGCCAACGAGATCATGAGCCTCCACCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771990.1
MERVNKMVSEKPIVIFSKTECCMSHTIKSLFYDFGVNPTIYELDEMPWGQEIEQALLRLGCTQTVPAVFIGGEFVGGANEIMSLHLKRSLKPMLKRAGALWV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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