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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000493

染色体: Chr07 坐标: 3432948-3434481 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000493
名称SmilChr07G000493
描述uncharacterized SmilChr07G000493
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3432948 - 3434481 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993059
GeneID130993059
locus_tag-
NCBI NameLOC130993059
原始查询SmilChr07G000493

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=37; qcov=0.463; evalue=3.19e-41; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773761.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057773761.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773761.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773761.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3433063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B17
Chr7:3433230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B23,B63
Chr7:3433283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B90,C53
Chr7:3433388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:3433518 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B10,B100,B101,B130,B133,B16,C14,C50,C67,C86,D1
Chr7:3433703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B12,B120,C46
Chr7:3433719 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C46
Chr7:3433719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:3433743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B51
Chr7:3433756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:3433776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B41,D7
Chr7:3433802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B51,C18,C85,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917778.1
ATGGGAAGAAGGAAGGATTTATCAAGCCAAGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAACTTTACAGATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGAAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCACGCACAAGGTCAGTTAGTCTCCGTTCAAAGCAAAAAAATCAACAAATGTAGAAGAAAAAGAGTGCAAATAGATTTAGAACTCATAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993059
ATGGGAAGAAGGAAGGATTTATCAAGCCAAGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAACTTTACAGATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGAAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCACGCACAAGGTCAGTTAGTCTCCGTTCAAAGCAAAAAAATCAACAAATGTAGAAGAAAAAGAGTGCAAATAGATTTAGAACTCATAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773761.1
MGRRKDLSSQERQAMAFFLLQNFTDGKLRHGTITAAMAKWGCCRSSVARLWQAAKKEHAQGQLVSVQSKKINKCRRKRVQIDLELIASLELHKRGTIRRLATGINCSKSTVGRWISKGLIRAHSSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLEQIVYDRICNVLKFKNMHNVVHIDEKWFYITKANHKFYLTPEETDPHRTCKSKKFIKKVMFSCAVSRPLFNEDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRTSKNRLAGTMEEKPIQSITKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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