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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000496

染色体: Chr07 坐标: 3450156-3456581 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000496
名称SmilChr07G000496
描述sucrose nonfermenting 4-like protein
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3450156 - 3456581 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991686
GeneID130991686
locus_tag-
NCBI NameLOC130991686
原始查询SmilChr07G000496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sucrose nonfermenting 4-like protein
产物sucrose nonfermenting 4-like protein
ArabidopsisAT1G09020 (SNF4)
sucrose nonfermenting-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837423]
identity=65.4; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0856400 (OsCBSX8)
-
identity=62.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00571 (CBS); PF16561 (AMPK1_CBM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772017.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772017.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057772017.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772017.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3450820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:3450980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:3451037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B118,B44,B75
Chr7:3451049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr7:3451267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B28,B79,C13,C56
Chr7:3451814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:3451894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr7:3452138 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A4
Chr7:3452138 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 A4
Chr7:3452714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C39
Chr7:3452749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C61
Chr7:3453507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772017.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
XP_057772018.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
XP_057772019.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
XP_057772020.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
XP_057772021.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
XP_057772022.1
486 aa
N
1
243
486
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-99 aa PF00571 CBS 351-398 aa PF00571 CBS 439-484 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772017.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772017.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772017.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772018.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772018.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772018.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772019.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772019.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772019.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772020.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772020.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772020.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772021.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772021.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772021.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772022.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 99 2.4e-25 89.3 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057772022.1 Pfam PF00571 CBS Domain 351 398 1.2e-21 77.5 CBS domain
XP_057772022.1 Pfam PF00571 CBS Domain 439 484 1.2e-21 77.5 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916036.1
AAAATCATTTTTCAATAAAAGAAATATCCGAATCGGGGAATATTTAGGGGTTCTGGTACTCCATTCTGCTTACTGAGCTATTCTTGAGTTTATCTTCACCTGTACAAATTGTGGTTTTGCAGATTCAAAGAAGCTGTTGCTTGAATTTGTTGGCCCAATACGTAAATGCGAGGGCTTTATTTTGGGGGTATAGTTCTTTTGGGTTTACATTTGTAAGAAGTGAATGTACCAACTTGGCATGGATTATACGCACGAAAGTG...
XM_057916038.1
TTTTCAATAAAAGAAATATCCGAATCGGGGAATATTTAGGGGTTCTGGTACTCCATTCTGCTTACTGAGCTATTCTTGAGTTTATCTTCACCTGTACAAATTGTGGTTTTGCAGATTCAAAGAAGGTGATGTTATTTTTGCATCAAATTATAGTCTGAGAAGTGGAATTTGATGCTCCAATTAAAAATTAAGATGCTCAGCTCACTGGGTTTCTGGGGTTTTGCAGCTGTTGCTTGAATTTGTTGGCCCAATACGTAAAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130991686
ATGTACCAACTTGGCATGGATTATACGCACGAAAGTGGAATAGGGCTGATTCCGACTCGTTTTGTGTGGCCTTATGGCGGGAGAGTTGTGTATATAAGTGGCTCATTTACAGGGTGGACACAATGGCCAATGACGCCTGTTGAAGGTTGCCCAACTGTGTTTCAAACTATTTGTAGCCTGCCTCCCGGTTATCACCAGTACAAATTTGTCGTTGATGGTGAATGGAGACATGACGATCGTCAGCCTTCTATTAGTAGTAA...
LOC130991686
ATGTACCAACTTGGCATGGATTATACGCACGAAAGTGGAATAGGGCTGATTCCGACTCGTTTTGTGTGGCCTTATGGCGGGAGAGTTGTGTATATAAGTGGCTCATTTACAGGGTGGACACAATGGCCAATGACGCCTGTTGAAGGTTGCCCAACTGTGTTTCAAACTATTTGTAGCCTGCCTCCCGGTTATCACCAGTACAAATTTGTCGTTGATGGTGAATGGAGACATGACGATCGTCAGCCTTCTATTAGTAGTAA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057772017.1
MYQLGMDYTHESGIGLIPTRFVWPYGGRVVYISGSFTGWTQWPMTPVEGCPTVFQTICSLPPGYHQYKFVVDGEWRHDDRQPSISSNLGTVNTILLTRESAILTPQIPSAGPSSSMDVDNGTLQRVVRPPDSTSRESFPMISESDLEISRHRIAVFMSTHMAYELLPESGKVVAFDVDLPVKQAFHILHEQGVYTAPLWDFSKSRFTGVLSALDFILIMRELGTHGSNLTEEELETHTISAWKEAKSYLNSQVNGLGSGV...
XP_057772018.1
MYQLGMDYTHESGIGLIPTRFVWPYGGRVVYISGSFTGWTQWPMTPVEGCPTVFQTICSLPPGYHQYKFVVDGEWRHDDRQPSISSNLGTVNTILLTRESAILTPQIPSAGPSSSMDVDNGTLQRVVRPPDSTSRESFPMISESDLEISRHRIAVFMSTHMAYELLPESGKVVAFDVDLPVKQAFHILHEQGVYTAPLWDFSKSRFTGVLSALDFILIMRELGTHGSNLTEEELETHTISAWKEAKSYLNSQVNGLGSGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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