Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000502`

染色体: Chr07 坐标: 3516232-3517690 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000502`
名称	SmilChr07G000502
描述	F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3516232 - 3517690 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991693`
GeneID	`130991693`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991693`
原始查询	`SmilChr07G000502`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
产物	F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420-like
Arabidopsis	`AT5G56420` (AT5G56420) F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835743] identity=32.2; qcov=0.688; evalue=4.31e-20; confidence=low
Rice	`Os10g0128200` (OsFbox517) - identity=27.4; qcov=0.944; evalue=5e-17; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772032.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772032.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772032.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772032.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772032.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3516734`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr7:3516803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B78,B87
`Chr7:3516831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B117,B72,C43
`Chr7:3516867`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:3516871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B66,B75,C45
`Chr7:3516912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,B73,C45
`Chr7:3516920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B111,C20
`Chr7:3516967`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	B102,B16,B4,B64,B67,C15,C38,C61,C70,C71,C73,C76,D2
`Chr7:3516969`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	B16,B4,B64,B67,C61,C70,C71,C73,C76,D2
`Chr7:3517031`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A19,A20,B109,B133,B29,B34,B9,C63
`Chr7:3517104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B138
`Chr7:3517104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772032.1

356 aa

178

356

F-box

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 15-55 aa PF24758 LRR_At5g56370 110-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772032.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	15	55	1.5e-07	31.8	F-box domain
`XP_057772032.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	110	251	2.3e-08	34.7	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916049.1
CCTCCTCATCCGCTTCGAGATGAAAAAACAAAAATCGAAGCGCAGTAAATCTCGCGATCGACTCAGTGAGTTGCCCGACTCGTTAATCTTCTTCATCTTTGAGTTGTTGCCGATGAATGACGTTGTTAAGACAACAATCCTCTCCAAGCGTTGGAAAGATCTCTGGAAAACCGTCCCCTTCCTTAATTTCACGGATTCTTCGTTCCGATACGACCCAAATATTTCGAGTGCCCGAAACTTTGTTAATCGGGCACTAATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991693
ATGAAAAAACAAAAATCGAAGCGCAGTAAATCTCGCGATCGACTCAGTGAGTTGCCCGACTCGTTAATCTTCTTCATCTTTGAGTTGTTGCCGATGAATGACGTTGTTAAGACAACAATCCTCTCCAAGCGTTGGAAAGATCTCTGGAAAACCGTCCCCTTCCTTAATTTCACGGATTCTTCGTTCCGATACGACCCAAATATTTCGAGTGCCCGAAACTTTGTTAATCGGGCACTAATACTGTGGGAAGGGATCAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772032.1
MKKQKSKRSKSRDRLSELPDSLIFFIFELLPMNDVVKTTILSKRWKDLWKTVPFLNFTDSSFRYDPNISSARNFVNRALILWEGIKMLKFTIDFRSRYGHYKSLLTDDLNVWVRWAKQKEVEEIHLRIKDDYEPYQLSECLYSCSSLKVLVLSLNEISLWSIPGNIKWDSLKSLTIDSLYFDFNPEFIIQALRGSPNLEVFNLTLHELESQVGSVFIQSSSLKKLSIRKPRYETDKELKIVTPNLETLEISGSPYRRCVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器