Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000516`

染色体: Chr07 坐标: 3622409-3624551 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000516`
名称	SmilChr07G000516
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3622409 - 3624551 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991707`
GeneID	`130991707`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991707`
原始查询	`SmilChr07G000516`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
Arabidopsis	`AT1G16930` (AT1G16930) F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838264] identity=23.11; qcov=0.927; evalue=8.18e-16; confidence=weak
Rice	`Os10g0128200` (OsFbox517) - identity=27.37; qcov=0.547; evalue=8.66e-14; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991707

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772050.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057772050.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3622618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr7:3622649`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C49
`Chr7:3622649`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C49
`Chr7:3622759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C11,C54,C69
`Chr7:3622761`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B138,B33,C8
`Chr7:3622822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B137
`Chr7:3622898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:3622913`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr7:3623116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B111,C30,C41
`Chr7:3623243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B5,C64
`Chr7:3623271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B139,B44,B97,C38
`Chr7:3623318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772050.1

495 aa

248

495

F-box

F-box-like

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 38-74 aa PF12937 F-box-like 39-73 aa PF24758 LRR_At5g56370 161-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772050.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	38	74	7.9e-09	35.8	F-box domain
`XP_057772050.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	39	73	1.9e-08	34.6	F-box-like
`XP_057772050.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	161	282	3.8e-07	30.7	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916067.1
TAGGGTTTTGACTCTTTCTCTTGATCGAAAATGATTTCAATAAAATCATATAATAATCCCAATAATCAGTTTTAAAGAAGCAGATCAGTTTTTAGTCCTATTTGGATTTGGATTAGTGAAATAATGGATGAATGGCACGATCGATTCAGTGAAGAAGCAAACATCGGTGAGCTCCACGATCGAGATCGACTCAGTGAAGAAGCAAACACCGGTGAGCTCCACGATCGAGATCGACTCAGTGAGTTACCCGACTCTTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772050.1_35066
ATGGATGAATGGCACGATCGATTCAGTGAAGAAGCAAACATCGGTGAGCTCCACGATCGAGATCGACTCAGTGAAGAAGCAAACACCGGTGAGCTCCACGATCGAGATCGACTCAGTGAGTTACCCGACTCTTTAATTATTCAAATCCTTTCATTGTTGGATATCAAAGATGTTGTTCGGACATCCCTCGTCTCCAAACGTTGGGAAAACCTCTTGTCCACCATCCCCTGCCTTGATCTCTTGGAACAAACTCCAAGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772050.1
MDEWHDRFSEEANIGELHDRDRLSEEANTGELHDRDRLSELPDSLIIQILSLLDIKDVVRTSLVSKRWENLLSTIPCLDLLEQTPSFISSVVSLWKGPQIPKLRLSFPPHNVDPCSSVIDSWLLFAIEKRVGELYLDLSNWRDVNAIVKRVGERWRWGDLNRYNKVDYCLPQPLYSCPSITKLTLVSCKLRIEDNVQWNQLKSLEITYPDLLSGDAMNQILLGAPLLEELVLKSFKIGEKENFSIRSTSLKMLKIQTGYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器