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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000535

染色体: Chr07 坐标: 3714267-3715067 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000535
名称SmilChr07G000535
描述uncharacterized SmilChr07G000535
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3714267 - 3715067 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991721
GeneID130991721
locus_tag-
NCBI NameLOC130991721
原始查询SmilChr07G000535

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991721

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772066.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772066.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772066.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772066.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772066.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3714421 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 80 A1,A13,A15,A16,A2,A24,A5,B1,B100,B105,B108,B11,B112,B114,B120,B123,B127,B13,B134,B137,B138,B22,B28,B3,B30,B31,B33,B35,B4,B44,B53,B55,B58,B63,B68,B7,B70,B76,B79,B83,B85,B88,B89,B95,C11,C13,C17,C2,C21,C23,C26,C28,C3,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C43,C46,C47,C5,C51,C52,C56,C58,C61,C68,C69,C70,C71,C75,C77,C79,C8,D2,D3,D9
Chr7:3714449 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr7:3714449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:3714489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:3714509 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B140,B40,C32,C68
Chr7:3714509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B40,C32,C68
Chr7:3714555 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A4,B109,B129,B133,B21,B27,B29,B3,B34,B4,B45,B54,B78,B87,C12,C15,C21,C30,C41,C42,C52,C63,C75,D10
Chr7:3714682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:3714727 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B3,B54,C15,C21,C42,D10
Chr7:3714994 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 21 A15,A24,A8,B10,B107,B108,B114,B121,B134,B22,B70,B90,C21,C28,C32,C36,C61,C68,C69,C71,C77
Chr7:3715003 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 19 A15,A24,B10,B107,B108,B114,B121,B134,B70,B90,C21,C28,C32,C36,C61,C68,C69,C71,C77
Chr7:3715014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B54,C12,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916083.1
AGTTGCTTCTCGCCTTGAAGAAGAAAGATATGGTTGTTCAATTTCCGGATGCAGAGTTTCTAGAACACAAGAGCAAGGAGACATGGGGTCAGCTTGATCTTCTAGAGCTTCTTGATTTTCTTGAGATGTTTCCTAAGCTGAAGATTTTAAAATTTTCTCAATACCAGTTGGAGGATTTTGATCCCATCGTTAGGACGACATTCCCCCGTCCCTCACTGCTCCATCTAAATACAGTTGAGAGTACTTGGTCTGCAGAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991721
ATGGTTGTTCAATTTCCGGATGCAGAGTTTCTAGAACACAAGAGCAAGGAGACATGGGGTCAGCTTGATCTTCTAGAGCTTCTTGATTTTCTTGAGATGTTTCCTAAGCTGAAGATTTTAAAATTTTCTCAATACCAGTTGGAGGATTTTGATCCCATCGTTAGGACGACATTCCCCCGTCCCTCACTGCTCCATCTAAATACAGTTGAGAGTACTTGGTCTGCAGAAGACCCCTCACTAATTCCATTTATAGAATTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772066.1
MVVQFPDAEFLEHKSKETWGQLDLLELLDFLEMFPKLKILKFSQYQLEDFDPIVRTTFPRPSLLHLNTVESTWSAEDPSLIPFIEFLLQNAPLLHKLVFRLTSSCRENRKYYLMVEEKVRSMPRSSPTAEVIITKYKSFQLLNGAYYKWSQHLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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