当前解析结果
SmilChr07G000541| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000541 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000541 |
| 描述 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 3733166 - 3735437 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991726 |
|---|---|
| GeneID | 130991726 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991726 |
| 原始查询 | SmilChr07G000541 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290 |
| 产物 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290 |
| Arabidopsis | AT1G66290 (AT1G66290)F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842946] identity=25.1; qcov=1.02; evalue=5.31e-22; confidence=low |
| Rice | Os02g0537200 (OsFbox094)- identity=26.6; qcov=0.566; evalue=2.09e-13; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991726 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772073.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772073.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772073.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772073.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057772073.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:3733331 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A15,A16,A24,A7,B105,B108,B110,B114,B134,B22,B4,B70,B82,B88,C1,C11,C17,C28,C3,C32,C35,C36,C47,C61,C68,C69,C70,C71,C77,D2,D3 |
Chr7:3733341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C59,C67 |
Chr7:3733345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B91 |
Chr7:3733473 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B132,B60,B77,B93,C49,C6,C74 |
Chr7:3733492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B5,C4,C7 |
Chr7:3733571 |
G |
GGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A8,B122 |
Chr7:3733571 |
G |
GGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | A8,B122 |
Chr7:3733593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:3733898 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr7:3734067 |
GTA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B44,D10 |
Chr7:3734067 |
GTA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B44,D10 |
Chr7:3734071 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B44,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772073.1PF23622
LRR_At1g61320_AtMIF1 118-452 aa
PF24758
LRR_At5g56370 124-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772073.1 |
Pfam | PF23622 |
LRR_At1g61320_AtMIF1 | Repeat | 118 | 452 | 1.1e-08 | 35.6 | At1g61320/AtMIF1, LRR domain |
XP_057772073.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 124 | 246 | 4.8e-12 | 46.8 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。