Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000543`

染色体: Chr07 坐标: 3742756-3744185 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000543`
名称	SmilChr07G000543
描述	uncharacterized SmilChr07G000543
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3742756 - 3744185 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993071`
GeneID	`130993071`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993071`
原始查询	`SmilChr07G000543`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=31.1; qcov=0.446; evalue=1.22e-20; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773775.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057773775.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057773775.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773775.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773775.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3742770`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A2
`Chr7:3742770`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A2
`Chr7:3743696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B54,C4
`Chr7:3743714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr7:3743733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr7:3743971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr7:3744107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B59,C51
`Chr7:3744122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B14,B38,C15,D9
`Chr7:3744123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C35,C77,C81
`Chr7:3744132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr7:3744153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C84
`Chr7:3744155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B27,B50,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917792.1
ATGGTACCAGCAAACAAGAAGAAGAAGTTGTCCATGGATCAAAAAAACTGTCTAGCACAATTCCTACTCCAAAATCAGCAGCTTGATGGAACTATACGTCACAAAGCTCAAAAAGAGGCTGCACAAATGTATGGATTAACCACAAGGTCAGTTAGAAGAATTTGGATGGAAGTAAAGCATCAACAATCTCAAGGTATTCCAGTGCATTTTCAGCAGAGAAGCAGAGGCATCATACATAAAGATAAGTGGAAAATTGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993071
ATGGTACCAGCAAACAAGAAGAAGAAGTTGTCCATGGATCAAAAAAACTGTCTAGCACAATTCCTACTCCAAAATCAGCAGCTTGATGGAACTATACGTCACAAAGCTCAAAAAGAGGCTGCACAAATGTATGGATTAACCACAAGGTCAGTTAGAAGAATTTGGATGGAAGTAAAGCATCAACAATCTCAAGGTATTCCAGTGCATTTTCAGCAGAGAAGCAGAGGCATCATACATAAAGATAAGTGGAAAATTGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773775.1
MVPANKKKKLSMDQKNCLAQFLLQNQQLDGTIRHKAQKEAAQMYGLTTRSVRRIWMEVKHQQSQGIPVHFQQRSRGIIHKDKWKIDEEKIRNLSVLERSTIRKMAKKLNVSKSLLGIWIKEKLIRPHTSAIKPALSKVNKLARLKFALSHLRFDDDTLKFQSMRNVIHIDEKWPHFSSEGECLFDGKYGIFPFTTQEPAKRKSKNRSKGTLETKAIQSITKEVIKACLINQIIPAIKAKWPTTEPKEIIIQLDNARPHIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器