Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000572

染色体: Chr07 坐标: 3888936-3890019 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000572
名称SmilChr07G000572
描述uncharacterized SmilChr07G000572
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3888936 - 3890019 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991746
GeneID130991746
locus_tag-
NCBI NameLOC130991746
原始查询SmilChr07G000572

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819868]; symbol=AT3G06840; hit=AT3G06840; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819868]; symbol=AT3G06840; hit=AT3G06840; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G06840 (AT3G06840)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819868]
identity=50.5; qcov=1.1; evalue=6.78e-47; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991746

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772105.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057772105.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772105.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772105.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772105.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3889245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B53,D10
Chr7:3889432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:3889443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:3889536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B5
Chr7:3889571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:3889585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B80,C13
Chr7:3889626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:3889680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C2,C35,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916122.1
GTGTGACATTTATTAATGGCAATGATGTGGTAGGTTAATTTGTAACATGAGAAGTCCACTAAAAAATGTGCATCTATTTAGTAGGGCTCTCTCTTTCCATCTCCAACGGCCATTCCCTCTCTTCTCGAGCCCCCCACTCTCTCTCCCTCTCTCTCTACAAACACTTCGCTCAGAACCATTTCACTCCCAAAACTGAGAGCAGAGCAAAATGGACATTTTCACTACAAAATCAGTGTCCAACAAATCACCCATTTTCCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991746
ATGGACATTTTCACTACAAAATCAGTGTCCAACAAATCACCCATTTTCCCCATTCCTGAACCTCAACACTTCTCCGACTACGGCTTTGAACCTCAAATCGACTACTTTCAGGTTTTGGAAGAAGCTCGAAAGCACAAGAGAGAGACAGCGTCAAGATCCATAGACCTCCATTTCAAGCTGCAGAAGCCCATCTCCAAAGACGAATCCTCCAAGAAGATCAAGAAGAGCAAGAAACGGTGGTGGCGCAACGCCCTCCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772105.1
MDIFTTKSVSNKSPIFPIPEPQHFSDYGFEPQIDYFQVLEEARKHKRETASRSIDLHFKLQKPISKDESSKKIKKSKKRWWRNALLFFKFPKRAPSASTGDHDSRRHRIGSISGPIYITESRSGASTPYRRPGSGPLAKGEVGVPYFSLRELNAAAGHRISAAETPIYLVT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器