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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000582

染色体: Chr07 坐标: 3976897-3977798 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000582
名称SmilChr07G000582
描述FCS-Like Zinc finger 15
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3976897 - 3977798 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991925
GeneID130991925
locus_tag-
NCBI NameLOC130991925
原始查询SmilChr07G000582

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FCS-Like Zinc finger 15
产物FCS-Like Zinc finger 15
ArabidopsisAT5G49120 (AT5G49120)
DUF581 family protein, putative (DUF581) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834971]
identity=40.6; qcov=1.17; evalue=1.08e-25; confidence=medium
RiceOs02g0592833
-
identity=52.1; qcov=0.712; evalue=5.11e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04570 (zf-FLZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772362.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772362.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772362.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772362.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772362.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3977071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B80,C13,C34,C56
Chr7:3977086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:3977220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C44,C47,C59,D3
Chr7:3977424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6
Chr7:3977443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr7:3977482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772362.1
132 aa
N
1
66
132
zf-FLZ
C
PF04570 zf-FLZ 39-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772362.1 Pfam PF04570 zf-FLZ Domain 39 86 1e-22 80.0 zinc-finger of the FCS-type, C2-C2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916379.1
GTGCAAGCAGATTGATAGCTATAAGAAGGGTACGTGGCAGTTATCAAGCACTACAAGTTACTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTTCAAAACCCCCATCTCCTATTTATTTCCACCATCTTTCCGCCACCTCTCCTCCGCCGCCCTCCGCCGCAGCAACGGGAACATGAGATGGTAGGCCTAAGCGTAATCCTCGAAAACTACAGAGATCTCTCCGAAAAACGAAGCCCCCAAATCCTCAGCAAAGGCGCCATGATCAAACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991925
ATGGTAGGCCTAAGCGTAATCCTCGAAAACTACAGAGATCTCTCCGAAAAACGAAGCCCCCAAATCCTCAGCAAAGGCGCCATGATCAAACCTTCCTCTCCTTCTCTCTCTAACTACTCTCCTGCTTCTGGATTTCTCGAGAATTGTTTCCTCTGCCGGCACAAACTATTGCCAGGCAAAGACATCTTCATGTACAAAGGAGATAGGGCATTTTGCAGTGTGGAGTGCAGGTGCAAGCAGATTTTCATGGATGAGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772362.1
MVGLSVILENYRDLSEKRSPQILSKGAMIKPSSPSLSNYSPASGFLENCFLCRHKLLPGKDIFMYKGDRAFCSVECRCKQIFMDEEESCENSGCTLDYTCSAAATSSPSSSSPSSSRSGKGARARATNAFAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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