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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000596

染色体: Chr07 坐标: 4067376-4068299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000596
名称SmilChr07G000596
描述uncharacterized SmilChr07G000596
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4067376 - 4068299 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991919
GeneID130991919
locus_tag-
NCBI NameLOC130991919
原始查询SmilChr07G000596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772355.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772355.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772355.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772355.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772355.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4067608 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr7:4067608 GCT G 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr7:4067620 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B20,C8,D7
Chr7:4067620 GAT G 2bp_deletion CDS_variant 3 B20,C8,D7
Chr7:4067648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr7:4067679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B103,B130,B131,B135
Chr7:4067699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B31,C45,C52,C75
Chr7:4067702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:4067935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:4067951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:4067992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B111,B46
Chr7:4067996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916372.1
TGACACAAATGCTATAATAGATGATACACTTTAAATCCCTCTAACTTTATGTAGCAATCATAATGTAAATATTTATTGTACAAGTCATAGTTAATTTTTTCAGGGCAGCAACTAACAAGCCATGGTTAAATGTGCAGACTAATATGATGGCAAATTATAATAAGATATTATTTCAAATATAATATAGGGATCAAATCGGTAGTCAAGATCTTAGGTTACCAATGATAGCCCCTACAGTGCACTATCACCATAACACTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991919
ATGATAGCCCCTACAGTGCACTATCACCATAACACTGTAGTGTTCCCTTCAAATTATGAAGGCAACACTTCAGCCGTTTATGGCAACGATTCCTTGAATGCCGATGCACTGCTAAGGACTTATGGTAGCCCACAAGGTTCCAACTCCATCCGACAAACTAGGGTCGATCGCGTAGTAATGCAAGACACATCTATTTCAAGGCCAAATGCTGGAGAAGTTAGAGCAGTTTATCATCGTACTCGTTTCCGTAACAATTTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772355.1
MIAPTVHYHHNTVVFPSNYEGNTSAVYGNDSLNADALLRTYGSPQGSNSIRQTRVDRVVMQDTSISRPNAGEVRAVYHRTRFRNNLPSSTIVDSELIHQRREENSVHTNTTAYESLLSYESYGDPSLELSLTTNSSEDRSQEEQH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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