当前解析结果
SmilChr07G000598| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000598 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000598 |
| 描述 | translationally-controlled tumor protein homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4074480 - 4076464 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991903 |
|---|---|
| GeneID | 130991903 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991903 |
| 原始查询 | SmilChr07G000598 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | translationally-controlled tumor protein homolog |
| 产物 | translationally-controlled tumor protein homolog |
| Arabidopsis | AT3G16640 (TCTP)translationally controlled tumor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820916] identity=80.95; qcov=1.0; evalue=2.25e-98; confidence=high |
| Rice | Os11g0660500 (OsTCTP)- identity=85.12; qcov=1.0; evalue=1.32e-97; confidence=high |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00838 (TCTP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991903 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057772339.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057772339.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057772339.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4074679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,B79 |
Chr7:4075426 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B123,B14,B85 |
Chr7:4075752 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,D5 |
Chr7:4075931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B81,C27,C35,C46 |
Chr7:4075968 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B91 |
Chr7:4075982 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,D11 |
Chr7:4076273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,B79 |
Chr7:4076276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772339.1PF00838
TCTP 1-164 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772339.1 |
Pfam | PF00838 |
TCTP | Domain | 1 | 164 | 3.6e-59 | 200.5 | Translationally controlled tumour protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。