同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000598

染色体: Chr07 坐标: 4074480-4076464 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000598
名称SmilChr07G000598
描述translationally-controlled tumor protein homolog
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4074480 - 4076464 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991903
GeneID130991903
locus_tag-
NCBI NameLOC130991903
原始查询SmilChr07G000598

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述translationally-controlled tumor protein homolog
产物translationally-controlled tumor protein homolog
ArabidopsisAT3G16640 (TCTP)
translationally controlled tumor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820916]
identity=80.95; qcov=1.0; evalue=2.25e-98; confidence=high
RiceOs11g0660500 (OsTCTP)
-
identity=85.12; qcov=1.0; evalue=1.32e-97; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00838 (TCTP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991903

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772339.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057772339.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057772339.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4074679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B79
Chr7:4075426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B123,B14,B85
Chr7:4075752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D5
Chr7:4075931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B81,C27,C35,C46
Chr7:4075968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,B91
Chr7:4075982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D11
Chr7:4076273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B79
Chr7:4076276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772339.1
168 aa
N
1
84
168
TCTP
C
PF00838 TCTP 1-164 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772339.1 Pfam PF00838 TCTP Domain 1 164 3.6e-59 200.5 Translationally controlled tumour protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916356.1
GAGATAGAATTGTAAATAAAAGAGAATTCGTGTCTTGTATATTAATTTGAGATTGTCAAAAACCCTCGGCCTCATGTATATATATACGAACTCAGCCTCCATTATTAATTCTCTCATTTCAGTCTCTCTCTAGACTACATTGATTGAGAGCTGAAAATCGTGAAAATTGTGCAATCATGTTGGTTTATCAAGATTTGCTCACCGGTGATGAACTCCTCTCCGACTCTTTTCCCTATAAGGAAATCGAGAATGGAGCTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772339.1_35157
ATGTTGGTTTATCAAGATTTGCTCACCGGTGATGAACTCCTCTCCGACTCTTTTCCCTATAAGGAAATCGAGAATGGAGCTCTATGGGAAGTCGAGGGAAAGTGGGTAGTTACTGGATCAGTTGATGTCGACATTGGTGCAAATCCTTCTGCCGAAGGTGGTGGGGAGGATGAAGGTGTTGATGACCAAGCAGTCAAAGTTGTTGACATTGTCGACACATTCAGGCTGCAGGAGCAACCTCCCTTTGACAAGAAGCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772339.1
MLVYQDLLTGDELLSDSFPYKEIENGALWEVEGKWVVTGSVDVDIGANPSAEGGGEDEGVDDQAVKVVDIVDTFRLQEQPPFDKKQFIGYIKKYIKTLTPKLDAEKQDEFKKSIEGATKYLVSKIKDLQFFVGESMHDDSSLVFAYYKEGATDPTFLYFAHGLKEIKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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