Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000615`

染色体: Chr07 坐标: 4176370-4178341 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000615`
名称	SmilChr07G000615
描述	xyloglucan 6-xylosyltransferase 2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4176370 - 4178341 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991843`
GeneID	`130991843`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991843`
原始查询	`SmilChr07G000615`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	xyloglucan 6-xylosyltransferase 2-like
产物	xyloglucan 6-xylosyltransferase 2-like
Arabidopsis	`AT3G62720` (XT1) xylosyltransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825446] identity=75.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0300000` (OsXXT1) - identity=73.7; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0009969 (xyloglucan biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016758 (hexosyltransferase activity); GO:0033843 (xyloglucan 6-xylosyltransferase activity); GO:0035252 (UDP-xylosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF05637 (Glyco_transf_34)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991843

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057772239.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057772239.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772239.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772239.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4176905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C8
`Chr7:4176998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,D5
`Chr7:4177019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C64,C66,D6
`Chr7:4177071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:4177079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,C2,C26,C39
`Chr7:4177114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr7:4177244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B57,B91
`Chr7:4177292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr7:4177544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B29,C15,C4
`Chr7:4177616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,D5
`Chr7:4177904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B118,B65,B77,D1
`Chr7:4177919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B89,C4,C47,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772239.1

460 aa

230

460

Glyco_transf_34

PF05637 Glyco_transf_34 149-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772239.1`	Pfam	`PF05637`	Glyco_transf_34	Family	149	388	1e-66	225.9	galactosyl transferase GMA12/MNN10 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916256.1
AACGCACAATTAACAACTCTAATCAATAATTAAAAAAAATCCTGTCTGAAAGCATCTTCTCGTCTCCTCCATTTTGCCTTCCACCACTTCATCACTCTCCACCGACACCTCCTCCCCTTCAAAAGCCCTTTTAAATTCAATAATATACCTCCGCATCCCAATCTGAGATCCTCATTCTCCTCCATCTAAACTCCCAGATTCCGATCTCCTCTTTTCATCAATAAATCTGAGAGCACAAACTGAAAAAAAAACCCCTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991843
ATGCTGGATCGGGTTCTCGGCCCGCTCAACGCGCGGCGGCTCCACCGCGTCTTCCGCAAGGCGAAGCTGACGGTGCTCTGCCTCTTCCTCACGCTGATCGTCCTGCGCGCCAACATCGGCGCCGGGAAGTTCGGCACGCCGGAGAAGGATCTCGACGAGATCCGCGAGACCTTCTCCCACATCCGCAAGCGCGCCGAGCCGCGCCGCGTGCTGGTGGAGGCCGCCGACGAGCTGAAATCTAGCGGAAATGCGGAGAGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772239.1
MLDRVLGPLNARRLHRVFRKAKLTVLCLFLTLIVLRANIGAGKFGTPEKDLDEIRETFSHIRKRAEPRRVLVEAADELKSSGNAESGSNNYAEFDIKKILKDEDDGVPEFQRDLSQPYSLGPKISDWDEQRSEWLKNNPDYPNFIGDNKPRVLLVTGSSPKPCENPVGDHYLLKSIKNKIDYCRVHGIEIFYNMALLDAEMAGFWAKLPLIRKLLLSHPEVEFLWWMDSDAMFTDMAYEVPWERYKDHNFVMHGWNEMIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器