Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000628`

染色体: Chr07 坐标: 4237684-4238451 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000628`
名称	SmilChr07G000628
描述	protein SRC2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4237684 - 4238451 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993083`
GeneID	`130993083`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993083`
原始查询	`SmilChr07G000628`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SRC2-like
产物	protein SRC2-like
Arabidopsis	`AT1G09070` (SRC2) soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428] identity=42.6; qcov=0.663; evalue=3.13e-30; confidence=medium
Rice	`Os05g0149100` - identity=36.5; qcov=0.569; evalue=1.78e-23; confidence=medium
GO	GO:0006952 (defense response)
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057773789.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773789.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057773789.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773789.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773789.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4237696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr7:4237741`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C35
`Chr7:4237741`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C35
`Chr7:4237780`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr7:4237780`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr7:4237802`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B138,B2,D3
`Chr7:4237923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:4238012`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A6,B4,B52,B58,C4,C40,C65,D6
`Chr7:4238043`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	27	A21,A5,B101,B106,B117,B120,B122,B125,B139,B33,B53,B63,B64,B81,B85,B86,C11,C38,C43,C5,C51,C69,C71,C74,C77,D11,D2
`Chr7:4238059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:4238066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr7:4238072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773789.1

255 aa

128

255

PF00168 C2 6-107 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773789.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	6	107	1.5e-13	51.6	C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917806.1
ATGGAGTTCCGAACTATGGATATCACGCTCCGTTCCGGGAAAAATCTGAACGATGTCAACCTCTTCAGAAAGATGGCCGTCTACGCCGTCGTTTGGATCTCCGGCGGCGACAGGATCCCCAAGCAGAAGACCAGGACGCCGACCGACCACGGCGGCACCAACCCCACCTGGAACTTCCCGATGGAGTTCAAGGTGGACGAGGCGGCGCTGCAGCTGAACCGCCTCACCCTCAAGTTCAAGCTCGTCTGCGAGCAGTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993083
ATGGAGTTCCGAACTATGGATATCACGCTCCGTTCCGGGAAAAATCTGAACGATGTCAACCTCTTCAGAAAGATGGCCGTCTACGCCGTCGTTTGGATCTCCGGCGGCGACAGGATCCCCAAGCAGAAGACCAGGACGCCGACCGACCACGGCGGCACCAACCCCACCTGGAACTTCCCGATGGAGTTCAAGGTGGACGAGGCGGCGCTGCAGCTGAACCGCCTCACCCTCAAGTTCAAGCTCGTCTGCGAGCAGTCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773789.1
MEFRTMDITLRSGKNLNDVNLFRKMAVYAVVWISGGDRIPKQKTRTPTDHGGTNPTWNFPMEFKVDEAALQLNRLTLKFKLVCEQSSSRDDKVVGELSVPIKELLDSPATPDADGNKFFTYQVRKPSGRPKGELNFTCKFSEKMADASAEEMNEYVLAVELKKKIDSALELGKNAIGIGKSGASKLMKYGLARLGSGLGKKKREFGRAWHKFTDGVGQNKEEDYQPVRPNPTQTQTPDTKWATSGFSRILAKRGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器