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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000635

染色体: Chr07 坐标: 4283516-4286613 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000635
名称SmilChr07G000635
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4283516 - 4286613 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991774
GeneID130991774
locus_tag-
NCBI NameLOC130991774
原始查询SmilChr07G000635

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=27.3; qcov=1; evalue=2.46e-84; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=30.3; qcov=0.92; evalue=1.01e-86; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057772148.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772148.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772148.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772148.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772148.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4283822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:4283881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:4283891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,C49,C6
Chr7:4283917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B31,B68,C72
Chr7:4283918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B44,B99,C27,C83
Chr7:4283923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C72,C79
Chr7:4283983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B137,B90,B92,C8
Chr7:4283984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C32,C68
Chr7:4284156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr7:4284242 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 53 A1,A25,A6,B1,B106,B108,B11,B118,B12,B21,B23,B38,B39,B4,B40,B46,B48,B52,B59,B6,B61,B67,B68,B69,B71,B77,B81,B86,B89,B91,C12,C14,C17,C18,C29,C30,C41,C44,C53,C57,C59,C60,C64,C65,C66,C69,C72,C74,C76,C84,C9,D1,D8
Chr7:4284259 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 51 A1,A25,A6,B1,B106,B108,B11,B118,B12,B21,B23,B38,B39,B4,B40,B46,B48,B52,B59,B6,B61,B67,B68,B69,B71,B77,B81,B86,B89,C12,C17,C18,C29,C30,C41,C44,C53,C57,C59,C60,C64,C65,C66,C69,C72,C74,C76,C84,C9,D1,D8
Chr7:4284261 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 51 A1,A25,A6,B1,B106,B108,B11,B118,B12,B21,B23,B38,B39,B4,B40,B46,B48,B52,B59,B6,B61,B67,B68,B69,B71,B77,B81,B86,B89,C12,C17,C18,C29,C30,C41,C44,C53,C57,C59,C60,C64,C65,C66,C69,C72,C74,C76,C84,C9,D1,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772148.1
871 aa
N
1
436
871
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 170-342 aa PF23559 WHD_DRP 427-495 aa PF23598 LRR_14 563-849 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772148.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 170 342 1.1e-42 146.2 NB-ARC domain
XP_057772148.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 427 495 4.7e-21 75.3 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772148.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 563 849 3e-15 56.5 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916165.1
CCTCGAAACTAAAACCACCTCAATAAAATTATAGCCACCTCGTCGATTTATTATCAAATACTACTAACAATTTAGTATTATTTGCTCGAAGTCAACACTACATAAGCTGTCTAATTATTCGGTCTTGTGATTGTTAATTAGAAGCTTTCCTTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTTGCAAGTGAGAAGAGATCAGAAAAAATGGCTTACAATCTTCAATCCCTCATCACCATCCTTGAAGGAATTCTGGATCCCAAACAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991774
ATGGCTTACAATCTTCAATCCCTCATCACCATCCTTGAAGGAATTCTGGATCCCAAACAAACACGCTGGATTCTTGGACGTAAGAAACCACAACTCCAATCCCTCCTCGAAAAAGCTTCTTCCCTGCAGCAGATTCTCGAAAAAACTCCACTCACCAAAATACCAAGTTTGGAGTGTCAAATCAGAGATGCAGCAAATGAAGCAGAGGATATCATTGAATCTCACATGGTTGAACGAATGCTTTCGATTTCTAAAAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772148.1
MAYNLQSLITILEGILDPKQTRWILGRKKPQLQSLLEKASSLQQILEKTPLTKIPSLECQIRDAANEAEDIIESHMVERMLSISKRVNFNLLTPDVLLVTQKLDSVIEQVVKLEEVERNKKPTGSSRSGASFSSSKSIVEGKTMPSGSSLSGASQLQDPSSKSVLVGVDEDLMQLKDRLTGMQTKLEILPIVGMGGIGKTTLARKLYQDPSILEHFSYIAWVTISQDYEMRAILLGLIRCIIGKEECDKHKEKGDGELKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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