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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000651

染色体: Chr07 坐标: 4388266-4390307 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000651
名称SmilChr07G000651
描述CST complex subunit TEN1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4388266 - 4390307 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991928
GeneID130991928
locus_tag-
NCBI NameLOC130991928
原始查询SmilChr07G000651

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CST complex subunit TEN1
产物CST complex subunit TEN1
ArabidopsisAT1G56260 (MDO1)
telomere-capping, CST complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842079]
identity=58.5; qcov=0.992; evalue=8.55e-45; confidence=medium
Rice-
-
GOGO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0010521 (telomerase inhibitor activity); GO:0032211 (negative regulation of telomere maintenance via telomerase); GO:0042162 (telomeric repeat DNA binding); GO:1990879 (CST complex)
KEGG-
PfamPF15490 (Ten1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991928

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772368.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057772368.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057772368.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772368.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4388479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B122,B17,B40,B71
Chr7:4388504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B137
Chr7:4389506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr7:4389544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,B79,C3,C35
Chr7:4389589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,C84
Chr7:4389789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:4389846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B26,B85,D11
Chr7:4389887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B63,B86,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772368.1
124 aa
N
1
62
124
Ten1_2
C
PF15490 Ten1_2 6-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772368.1 Pfam PF15490 Ten1_2 Domain 6 117 2.3e-32 111.9 Telomere-capping, CST complex subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916385.1
GGCCCAACCCTTTTCTTCGTTTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCGCGCGCGCTGTCTGTAATTGAAAAATAGATATAGAATTTGTTTTTTAAAGAGATTTTGGTTTTTGAGATCATTTCTGTGTTCAGCTTTTGTAGAAGCGATTGAACATGGCTACATCTACAATTAGTGCAGGTGTATTGGTTAGTTTACAAGAATTGAACCCGTCTTCACCAAATTTCAAGCAAGGAGCCTCATTTAGGGTTACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991928
ATGGCTACATCTACAATTAGTGCAGGTGTATTGGTTAGTTTACAAGAATTGAACCCGTCTTCACCAAATTTCAAGCAAGGAGCCTCATTTAGGGTTACTGGAAAGATACAAAAGTATGATTTGGAGACGGCAGTGGCTGTAATTGTCGATGGAGATGCTAGCTTAAAGGTCGACACACAGTTCCTGAAACTCAATCTGCGCCCAGGCTCTCTCTACCAGTTCATTGGGGAACTGCAGATTGAACCAAATAATGAGGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772368.1
MATSTISAGVLVSLQELNPSSPNFKQGASFRVTGKIQKYDLETAVAVIVDGDASLKVDTQFLKLNLRPGSLYQFIGELQIEPNNEAILEARVGRNVDGLDTNLYHQTVQLLRQFQAEQANSRTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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