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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000660

染色体: Chr07 坐标: 4456229-4458000 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000660
名称SmilChr07G000660
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4456229 - 4458000 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991844
GeneID130991844
locus_tag-
NCBI NameLOC130991844
原始查询SmilChr07G000660

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
产物beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=32.4; qcov=0.987; evalue=2.03e-65; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=43.7; qcov=1.05; evalue=1.01e-119; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772240.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772240.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772240.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772240.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772240.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4456552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:4456578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr7:4456588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C15,C4
Chr7:4456652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:4456655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B32,C71,C78
Chr7:4456664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:4456667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:4456673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:4456937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C8
Chr7:4456950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:4457130 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B95
Chr7:4457130 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772240.1
453 aa
N
1
226
453
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 11-231 aa PF00201 UDPGT 249-390 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772240.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 11 231 2.8e-09 37.9 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057772240.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 249 390 1.7e-17 64.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916257.1
GCATTACAACCATGCCTTAAAAACTCCAAACCCTAAACATGGAAACATTGTCTGAATCTACTTATAAAATGTGATAGATCCATCCATCCCCTCCCTACCTCAACACCAACAACCATCTCAGTTCTTCCAAGAATTTCGATGGATTCCTCAGACAGTGAAACCCGACACATCCTGATGTTCCCGTGGCTGGCGCACGGTCACATCTCCCCATATCTGGAGCTAGCGAAGCGCCTCAGCAAGCGCAACTTCGTGGTCCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991844
ATGGATTCCTCAGACAGTGAAACCCGACACATCCTGATGTTCCCGTGGCTGGCGCACGGTCACATCTCCCCATATCTGGAGCTAGCGAAGCGCCTCAGCAAGCGCAACTTCGTGGTCCACCTCTGCTCCACATCCGCCAACTTCAAATCCATCGCCAACACTATGAGTGAGAAGCACGCCGCTTCCATCCACCTCGTCGAGCTCCGCCTCCCCACCTTATTCCTCAACCGCTCCCTCCACACCACCAACGGCCTCCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772240.1
MDSSDSETRHILMFPWLAHGHISPYLELAKRLSKRNFVVHLCSTSANFKSIANTMSEKHAASIHLVELRLPTLFLNRSLHTTNGLPPELMPRLKKTLDQAAPELCRVLAALSPDLLVYDFLQPWAPLAAAAHGVPAVEFITSSATMMAYLFHFFAKPHAAFPFDEIYYRKYEEPHRDKLLQGNAMVRRNAFDGVDRSSDIVLIKGFREIESKYSDYLFDLLGKKVVAVGALVQEPSSVSHELEEDSTLIEWLDKKGKRST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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