Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000682`

染色体: Chr07 坐标: 4629181-4632781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000682`
名称	SmilChr07G000682
描述	probable voltage-gated potassium channel subunit beta
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4629181 - 4632781 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991873`
GeneID	`130991873`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991873`
原始查询	`SmilChr07G000682`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable voltage-gated potassium channel subunit beta
产物	probable voltage-gated potassium channel subunit beta
Arabidopsis	`AT1G04690` (KAB1) potassium channel beta subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839450] identity=86.9; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0817500` (KOB1) - identity=83.8; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057772292.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057772292.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057772292.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772292.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772292.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4629476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr7:4629510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B49,C8
`Chr7:4630563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr7:4630601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr7:4630616`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	41	A11,A18,A21,A25,A3,A6,B104,B114,B115,B118,B2,B22,B31,B33,B35,B4,B40,B41,B5,B64,B69,B75,B78,B85,B94,B98,C11,C29,C33,C44,C62,C63,C64,C65,C66,C71,C80,C81,D11,D4,D5
`Chr7:4631161`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A25,C57
`Chr7:4631161`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A25,C57
`Chr7:4631168`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	58	A11,A18,A21,A23,A3,A6,A9,B109,B115,B118,B119,B125,B129,B132,B137,B138,B18,B19,B22,B27,B34,B4,B40,B48,B5,B6,B60,B64,B67,B68,B7,B71,B74,B78,B79,B80,B85,B87,B93,B99,C11,C12,C18,C23,C25,C29,C31,C33,C58,C60,C62,C63,C82,C9,D1,D11,D2,D4
`Chr7:4631171`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B104,C44,C73
`Chr7:4631171`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B104,C44,C73
`Chr7:4631173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B33,C44,C73
`Chr7:4631185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C44,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772292.1

334 aa

167

334

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 23-322 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772292.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	23	322	4e-61	207.4	Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916309.1
GGACGGGGGCAGTAACAAAGTTCCAACTTGAGAAAATAACAATTCTATATATATAAAAAAAAAGGAAGGTTGCAGTTGCATAACAGTGTACTTAAATGAGTTAGTTGTCATTTTTCTTCACATGTGGACGTGGTCTTAGTCTTAGTAAAACGAAGTCCATTTCAAGCAAACCCAAAAAGGCATATATTCGCTACTGCACTCTGCTTCGCCCACCAACTGTTCGATGAAAATCCCAGACCAACAGATGCAGTACAAGAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991873
ATGAAAATCCCAGACCAACAGATGCAGTACAAGAACCTCGGTCGATCCGGGCTCAAGGTGTCGCAGCTCTCCTACGGTGCCTGGGTCACCTTCGGCAACCAGCTCGACGTCAAGGAGGCCAAATCCATCCTCCAGTGCTGCCGCGACAACGGCGTCAACTTCTTCGACAACGCCGAGGTCTACGCCAATGGCCGCGCCGAGGAGATCATGGGCCAGGCCATCAAGGAGCTGGGATGGAAGCGCTCCGACGTCGTCATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772292.1
MKIPDQQMQYKNLGRSGLKVSQLSYGAWVTFGNQLDVKEAKSILQCCRDNGVNFFDNAEVYANGRAEEIMGQAIKELGWKRSDVVISTKIFWGGPGPNDKGLSRKHIIEGTRNCLKRLDMDYVDLIYCHRPDLYTPIEETVRAMNYVIDKGWYYWGTSEWSAQQITEAWGVAERLGLVGPIVEQPEYNLFSRHKVEAEFLPLYTNYGIGLTTWSPLASGVLTGKYKSGSIPPDSRFALENYKNLASRSLVDDVLRKVDGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器