当前解析结果
SmilChr07G000688| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000688 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000688 |
| 描述 | PHD finger protein ING1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4705413 - 4708745 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991890 |
|---|---|
| GeneID | 130991890 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991890 |
| 原始查询 | SmilChr07G000688 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PHD finger protein ING1 |
| 产物 | PHD finger protein ING1 |
| Arabidopsis | AT3G24010 (ING1)RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821986] identity=66.5; qcov=1; evalue=1.5e-105; confidence=high |
| Rice | Os03g0143600- identity=53.7; qcov=1.11; evalue=9.69e-99; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0035064 (GO:0035064) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12998 (ING) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991890 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772321.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.80000 | XP_057772321.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772321.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772321.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057772321.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4706425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:4706445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:4706590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B67,D5 |
Chr7:4707403 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:4708064 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B81,C82 |
Chr7:4708086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B3,B93,C12 |
Chr7:4708317 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772321.1PF12998
ING 5-111 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772321.1 |
Pfam | PF12998 |
ING | Coiled-coil | 5 | 111 | 6.6e-22 | 78.7 | Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。