当前解析结果
SmilChr07G000701| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000701 |
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4831469 - 4832361 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991935 |
|---|---|
| GeneID | 130991935 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991935 |
| 原始查询 | SmilChr07G000701 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | late embryogenesis abundant protein 1 |
| 产物 | late embryogenesis abundant protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G13560 (UNE15)Late embryosis abundant protein (LEA) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826989] identity=41.4; qcov=1.2; evalue=4.32e-16; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27970 (LEA1_2_D7_KIN2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991935 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772376.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057772376.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057772376.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772376.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772376.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4831932 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C37,C60 |
Chr7:4832032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772376.1PF27970
LEA1_2_D7_KIN2 4-84 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772376.1 |
Pfam | PF27970 |
LEA1_2_D7_KIN2 | Family | 4 | 84 | 3.3e-15 | 57.2 | LEA protein 1/2/D7/Stress-induced protein KIN2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。