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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000703

染色体: Chr07 坐标: 4842829-4850170 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000703
名称SmilChr07G000703
描述uncharacterized SmilChr07G000703
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4842829 - 4850170 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991784
GeneID130991784
locus_tag-
NCBI NameLOC130991784
原始查询SmilChr07G000703

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834415]; symbol=AT5G43930; hit=AT5G43930; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834415]; symbol=AT5G43930; hit=AT5G43930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G43930 (AT5G43930)
Transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834415]
identity=56; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0290300 (OsWD40-40)
-
identity=58.2; qcov=0.479; evalue=2.45e-129; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0006914 (autophagy); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772161.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772161.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772161.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057772166.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772161.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4844260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B114
Chr7:4844261 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B122,C63,C7
Chr7:4844261 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 B122,C63,C7
Chr7:4844292 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A1,B17
Chr7:4844292 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 A1,B17
Chr7:4844296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:4845564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C60
Chr7:4845634 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B17,B77,C10,C24,C27
Chr7:4845634 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 5 B17,B77,C10,C24,C27
Chr7:4845942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr7:4846529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C1
Chr7:4846701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772161.1
780 aa
N
1
390
780
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 120-143 aa PF00400 WD40 147-186 aa
XP_057772163.1
774 aa
N
1
387
774
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 120-143 aa PF00400 WD40 147-186 aa
XP_057772164.1
773 aa
N
1
386
773
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 120-143 aa PF00400 WD40 147-186 aa
XP_057772165.1
771 aa
N
1
386
771
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 120-143 aa PF00400 WD40 147-186 aa
XP_057772166.1
739 aa
N
1
370
739
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 120-143 aa PF00400 WD40 147-186 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772161.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 120 143 8.4e-17 61.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057772161.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 147 186 8.4e-17 61.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057772163.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 120 143 8.1e-17 61.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057772163.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 147 186 8.1e-17 61.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057772164.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 120 143 8e-17 61.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057772164.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 147 186 8e-17 61.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057772165.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 120 143 7.8e-17 61.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057772165.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 147 186 7.8e-17 61.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057772166.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 120 143 6.8e-17 61.9 WD domain, G-beta repeat
XP_057772166.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 147 186 6.8e-17 61.9 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916183.1
CGGAGAAAACCATTACCTCCACCGCTCCCCCCTCCCCACCCCCGCCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTTCCTCTGTCAATTTTGGCCTCGACCGCCGAGATCTTCTTTGGCGTACCCTCCCTGTAAACTGATTGGAATATACGGTTATTGCTGGACAATTCAACTGAATCCGGGCTTTTAATATAAACCCCCAATTTTCTTCAATTTGCGGTGAATTGCAGAGATTCATGGATAGAAGCTACGATTCGTTTAA...
XM_057916178.1
CGGAGAAAACCATTACCTCCACCGCTCCCCCCTCCCCACCCCCGCCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGTTCCTCTGTCAATTTTGGCCTCGACCGCCGAGATCTTCTTTGGCGTACCCTCCCTGTAAACTGATTGGAATATACGGTTATTGCTGGACAATTCAACTGAATCCGGGCTTTTAATATAAACCCCCAATTTTCTTCAATTTGCGGTGAATTGCAGAGATTCATGGATAGAAGCTACGATTCGTTTAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130991784
ATGAGGTCGTCCTCAATTTGGCCGGAGAATTCCGCCTCGTCTGCTGCTGCTACACCAACATCATCATCGAATTCTCGGCAGCTGGTGCCTACAACTGTGGACCCTGCTCGTGACTTGGATTTGAGGCAAAGTAATGTATTGAAATTGTTAGCTCAGAGAGAGTTGTGTCCTCAAACAAAGAGAACACCCAGAAGATTTTGGGGAAAGGCATCCAGTCATCATGGTAAATCATCTAGATCAAAATGTGAATTAGCAAAAGA...
LOC130991784
ATGAGGTCGTCCTCAATTTGGCCGGAGAATTCCGCCTCGTCTGCTGCTGCTACACCAACATCATCATCGAATTCTCGGCAGCTGGTGCCTACAACTGTGGACCCTGCTCGTGACTTGGATTTGAGGCAAAGTAATGTATTGAAATTGTTAGCTCAGAGAGAGTTGTGTCCTCAAACAAAGAGAACACCCAGAAGATTTTGGGGAAAGGCATCCAGTCATCATGGTAAATCATCTAGATCAAAATGTGAATTAGCAAAAGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057772161.1
MRSSSIWPENSASSAAATPTSSSNSRQLVPTTVDPARDLDLRQSNVLKLLAQRELCPQTKRTPRRFWGKASSHHGKSSRSKCELAKDARQELRSWGEAESLLHLSANYCPLLPPPRSTIAAAFSPDGKTLASTHGDHTVKIIDCQSGTCLKVLSGHRRTPWVVRFHPLYPEVLASGSLDNEVRLWDAKTAECIGSRDFYRPIASIAFHAQGEILAVASGHKLYIWHYDRRGEASSPTIILRTRRSLRAVHFHPHGAPFLL...
XP_057772163.1
MRSSSIWPENSASSAAATPTSSSNSRQLVPTTVDPARDLDLRQSNVLKLLAQRELCPQTKRTPRRFWGKASSHHGKSSRSKCELAKDARQELRSWGEAESLLHLSANYCPLLPPPRSTIAAAFSPDGKTLASTHGDHTVKIIDCQSGTCLKVLSGHRRTPWVVRFHPLYPEVLASGSLDNEVRLWDAKTAECIGSRDFYRPIASIAFHAQGEILAVASGHKLYIWHYDRRGEASSPTIILRTRRSLRAVHFHPHGAPFLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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