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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000706

染色体: Chr07 坐标: 4910651-4913580 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000706
名称SmilChr07G000706
描述UPF0481 protein At3g47200-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4910651 - 4913580 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991837
GeneID130991837
locus_tag-
NCBI NameLOC130991837
原始查询SmilChr07G000706

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0481 protein At3g47200-like
产物UPF0481 protein At3g47200-like
ArabidopsisAT5G11290 (AT5G11290)
transmembrane protein, putative (DUF247) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831000]
identity=33.5; qcov=0.966; evalue=2.87e-76; confidence=low
RiceOs04g0505400
-
identity=31.1; qcov=1; evalue=4.5e-50; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03140 (DUF247)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772231.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772231.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772231.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772231.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772231.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4911473 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A20,B133,B136,B60,B95,C34,C56
Chr7:4911476 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 10 A5,B103,B57,B89,C21,C45,C54,C58,C61,C77
Chr7:4911501 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 11 B133,B137,B16,B60,B79,B95,C1,C22,C34,C56,D6
Chr7:4911512 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A20,C1,C21,C22,C45,C61,C70,C77
Chr7:4911514 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 10 B133,B136,B137,B16,B60,B79,B95,C34,C56,D6
Chr7:4911515 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 21 A13,A5,B107,B115,B122,B2,B24,B45,B48,B61,B75,B77,B79,B88,C12,C40,C54,C56,C58,C78,D9
Chr7:4911516 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A13,A5,B107,B115,B122,B2,B24,B45,B48,B61,B75,B77,B79,B88,C12,C40,C54,C56,C58,C78,D9
Chr7:4911518 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 21 A20,B133,B136,B137,B16,B24,B60,B72,B89,B95,C1,C21,C22,C34,C45,C54,C56,C61,C70,C77,D6
Chr7:4911519 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 21 A20,B133,B136,B137,B16,B24,B60,B72,B89,B95,C1,C21,C22,C34,C45,C54,C56,C61,C70,C77,D6
Chr7:4911532 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A20,B133,B136,B137,B16,B24,B29,B60,B72,B73,B89,B95,C1,C11,C21,C22,C34,C45,C54,C56,C61,C67,C70,C77,D6
Chr7:4911539 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 25 A20,B133,B136,B137,B16,B24,B29,B60,B72,B73,B89,B95,C1,C11,C21,C22,C34,C45,C54,C56,C61,C67,C70,C77,D6
Chr7:4911604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772231.1
479 aa
N
1
240
479
DUF247
C
PF03140 DUF247 56-467 aa
XP_057772232.1
476 aa
N
1
238
476
DUF247
C
PF03140 DUF247 53-464 aa
XP_057772233.1
469 aa
N
1
234
469
DUF247
C
PF03140 DUF247 46-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772231.1 Pfam PF03140 DUF247 Family 56 467 1.9e-103 347.6 Plant protein of unknown function
XP_057772232.1 Pfam PF03140 DUF247 Family 53 464 1.9e-103 347.7 Plant protein of unknown function
XP_057772233.1 Pfam PF03140 DUF247 Family 46 457 1.8e-103 347.7 Plant protein of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916250.1
ATTGACTCGGCTTCAAAAATAGTGGTTTTCAAAAAGTGGACACAGGTAAGCGCACTACGCTCTACGCAGGTCCTAGCTAAGACATTTCCCAGTTTGCGGTAGCTAATGGCATAGTCAACGCCCGAGCAAAATTGCAGTTCTGACAGGTCTCAAAACCAGGAGATGAAATCTGATCAGGCTGGGGTCAATGTAGACAATAAAGAATCAAAAGCTCAACTGATTGAAATCATAATATCTTCTTTTGATCAAAAGTTAGATAA...
XM_057916248.1
AAAAATAGTGGTTTTCAAAAAGTGGACACAGGTAAGCGCACTACGCTCTACGCAGGTCCTAGCTAAGACATTTCCCAGTTTGCGGTAGCTAATGGCATAGTCAACGCCCGAGCAAAATTGCAGGTTTTCCCTTTCCATACTATCTATTTAGCTGTGCGATTTTACCTTCTCAATGCAAACCATAAGATCCTACTTCTGATCTATCACGCCATGAGTTCTGACAGGTCTCAAAACCAGGAGATGAAATCTGATCAGGCTGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991837
ATGAGGTCTCAAAACCAGGAGATGAAATCTGATCAGGCTGGGGTCAATGTAGACAATAAAGAATCAAAAGCTCAACTGATTGAAATCATAATATCTTCTTTTGATCAAAAGTTAGATAAGTTGTCTGTAGATCCTTCATATTCGTATGCAGCATGTATCTATAGAGTTTCTGAGAAGCTCCGGAAAGCAAATGAAGGAGCATATACTCCTCGATTAGTGTCAATTGGTCCACTTCATCACGATATAGCCCAACTTCAAGG...
LOC130991837
ATGAGTTCTGACAGGTCTCAAAACCAGGAGATGAAATCTGATCAGGCTGGGGTCAATGTAGACAATAAAGAATCAAAAGCTCAACTGATTGAAATCATAATATCTTCTTTTGATCAAAAGTTAGATAAGTTGTCTGTAGATCCTTCATATTCGTATGCAGCATGTATCTATAGAGTTTCTGAGAAGCTCCGGAAAGCAAATGAAGGAGCATATACTCCTCGATTAGTGTCAATTGGTCCACTTCATCACGATATAGCCCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772231.1
MSSDRSQNQEMKSDQAGVNVDNKESKAQLIEIIISSFDQKLDKLSVDPSYSYAACIYRVSEKLRKANEGAYTPRLVSIGPLHHDIAQLQGMEASKLKFMHNFLSRFGIGMHTLVKFAAKEESFVRGCYEGKVDLSVKQLTEVILLDGIFIVELFLQSYFSQLRDKNETVFENQWIHNNLLHDMLLLENQLPIRIMKSLMSFVDLSFLNEGTMLTIYDLAHSFFKNVGNTHKVPLTARCNNARHFVEFLLILHAPTEKRVL...
XP_057772232.1
MRSQNQEMKSDQAGVNVDNKESKAQLIEIIISSFDQKLDKLSVDPSYSYAACIYRVSEKLRKANEGAYTPRLVSIGPLHHDIAQLQGMEASKLKFMHNFLSRFGIGMHTLVKFAAKEESFVRGCYEGKVDLSVKQLTEVILLDGIFIVELFLQSYFSQLRDKNETVFENQWIHNNLLHDMLLLENQLPIRIMKSLMSFVDLSFLNEGTMLTIYDLAHSFFKNVGNTHKVPLTARCNNARHFVEFLLILHAPTEKRVLSTE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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