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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000720

染色体: Chr07 坐标: 5005896-5007142 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000720
名称SmilChr07G000720
描述membrane protein PM19L-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5005896 - 5007142 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991902
GeneID130991902
locus_tag-
NCBI NameLOC130991902
原始查询SmilChr07G000720

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane protein PM19L-like
产物membrane protein PM19L-like
ArabidopsisAT1G04560 (AT1G04560)
AWPM-19-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839491]
identity=61.5; qcov=0.915; evalue=7.55e-69; confidence=high
RiceOs07g0422100 (OsPM19L2)
-
identity=60.8; qcov=0.841; evalue=5.19e-60; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05512 (AWPM-19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057772338.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057772338.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057772338.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772338.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772338.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5006152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr7:5006163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B5,C14,C17
Chr7:5006523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr7:5006634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:5007010 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B9,D6
Chr7:5007010 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B9,D6
Chr7:5007019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,D6
Chr7:5007026 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B9,D6
Chr7:5007026 T TAC 2bp_insertion CDS_variant 2 B9,D6
Chr7:5007034 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 88 A11,A14,A2,A22,A23,A8,B101,B103,B11,B112,B115,B117,B118,B119,B121,B122,B123,B125,B128,B129,B131,B132,B134,B135,B137,B14,B140,B17,B19,B20,B24,B28,B32,B33,B34,B35,B37,B41,B42,B43,B48,B51,B52,B53,B54,B56,B60,B62,B66,B67,B68,B71,B72,B73,B79,B80,B85,B9,B94,B96,B99,C1,C13,C19,C2,C22,C34,C36,C37,C38,C39,C43,C44,C45,C55,C56,C58,C59,C64,C65,C66,C7,C74,C80,C83,C85,D11,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772338.1
176 aa
N
1
88
176
AWPM-19
C
PF05512 AWPM-19 15-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772338.1 Pfam PF05512 AWPM-19 Family 15 142 1.1e-47 162.4 AWPM-19-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916355.1
AACATCCCAACAACTCAAATCAACAACTTTTTAACTAAATTCATCGCTTCTCTCTTTGCAATAGTAAGAAATACATATATATTTAAATATTTAGTGTTGTGAAAAAAATGGATAGAATAGCTGCGAGGAACATGGCAGGTCCATTGCTGTTGCTGAATTTGATAATGTATTTCATTGTGTTGGTGTTTGCAAGTTGGTGCCTCAATAGGTACATTGATGGTCGAACTGCACATCCAAGTGTGGGAGGAAATGGAGCAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991902
ATGGATAGAATAGCTGCGAGGAACATGGCAGGTCCATTGCTGTTGCTGAATTTGATAATGTATTTCATTGTGTTGGTGTTTGCAAGTTGGTGCCTCAATAGGTACATTGATGGTCGAACTGCACATCCAAGTGTGGGAGGAAATGGAGCAACGGGACACTTACTCACATTCTCGGTACTGGCAGCAGTACTTGGAATAGTCTCCAAAATAGGCGGCGGCAACCACCTCAGAACTTGGCGGAACGACAGCTTCGCCACCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772338.1
MDRIAARNMAGPLLLLNLIMYFIVLVFASWCLNRYIDGRTAHPSVGGNGATGHLLTFSVLAAVLGIVSKIGGGNHLRTWRNDSFATASTTSTAAWAVTALAFGLACKEINVGGWRGWRLRVVEAFIIILAFTQSIYVLLLHSSFYRSSAYDDDTGYGGGVAGAQPVHKGSATGGMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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