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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000723

染色体: Chr07 坐标: 5031607-5037394 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000723
名称SmilChr07G000723
描述histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5031607 - 5037394 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991789
GeneID130991789
locus_tag-
NCBI NameLOC130991789
原始查询SmilChr07G000723

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9-like
产物histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9-like
ArabidopsisAT4G13460 (SUVH9)
SU(VAR)3-9 homolog 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826978]
identity=56.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0435900 (OsSET25)
-
identity=58.9; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0034968 (GO:0034968); GO:0042054 (histone methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00856 (SET); PF02182 (SAD_SRA); PF05033 (Pre-SET)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772171.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772171.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772171.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772171.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772171.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5031869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B9
Chr7:5031901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C10
Chr7:5031926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:5031994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C12,C82
Chr7:5032042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr7:5032190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr7:5032330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:5032384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr7:5032486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:5032757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B63,C12,C53
Chr7:5032896 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 18 A4,A9,B40,B42,B43,B57,B65,B69,B78,C19,C31,C35,C38,C45,C46,C53,C74,D1
Chr7:5032932 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 4 A23,B129,B27,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772171.1
650 aa
N
1
325
650
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 205-357 aa PF05033 Pre-SET 389-485 aa PF00856 SET 504-636 aa
XP_057772172.1
650 aa
N
1
325
650
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 205-357 aa PF05033 Pre-SET 389-485 aa PF00856 SET 504-636 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772171.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 205 357 2e-52 177.6 SAD/SRA domain
XP_057772171.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 389 485 1.1e-20 74.8 Pre-SET motif
XP_057772171.1 Pfam PF00856 SET Family 504 636 2.6e-13 51.0 SET domain
XP_057772172.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 205 357 2e-52 177.6 SAD/SRA domain
XP_057772172.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 389 485 1.1e-20 74.8 Pre-SET motif
XP_057772172.1 Pfam PF00856 SET Family 504 636 2.6e-13 51.0 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916188.1
GCACTGGCAGTCCTCAATTTTACACTTTTATTACTATTTCAACAGCCCTCTTCTGCTTAGGCATTAACATCAGTTTCCCTTCCTTGTTTCCTCCATTTCATTTCTCACCTCCTTCAACCACCCCTCCCCAAAATCACACCAACTAAACCCCTCTGCGACCCCCCCCTTCCGCCGCTGGAGCTCCGATTCCCCAAAAATGAGCTCCAATTCCCTGGTCCCATTCCAGGATTTGAACCACCTCCCCTCCACCTCCTCCCCCG...
XM_057916189.1
GCACTGGCAGTCCTCAATTTTACACTTTTATTACTATTTCAACAGCCCTCTTCTGCTTAGGCATTAACATCAGTTTCCCTTCCTTGTTTCCTCCATTTCATTTCTCACCTCCTTCAACCACCCCTCCCCAAAATCACACCAACTAAACCCCTCTGCGACCCCCCCCTTCCGCCGCTGGAGCTCCGATTCCCCAAAAATGAGCTCCAATTCCCTGGTCCCATTCCAGGATTTGAACCACCTCCCCTCCACCTCCTCCCCCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991789
ATGAGCTCCAATTCCCTGGTCCCATTCCAGGATTTGAACCACCTCCCCTCCACCTCCTCCCCCGCCCCCACCCCTCTCATCGTCCCCAAATCCGAACCCAAACTCGAGCCCCTCGACGAAGCCCTACCTTCTCCGCCGCCGCCTCCTCCTGCATCGGCGGCGGAGGCGGCGGCGGAGCTCTTCTCCGATTACAATCGCCTCTTCGGTCTCTTCCAGTCCAACATTCCGGGGGTAATTCACCCAAACGGCGCCGTTTCACC...
LOC130991789
ATGAGCTCCAATTCCCTGGTCCCATTCCAGGATTTGAACCACCTCCCCTCCACCTCCTCCCCCGCCCCCACCCCTCTCATCGTCCCCAAATCCGAACCCAAACTCGAGCCCCTCGACGAAGCCCTACCTTCTCCGCCGCCGCCTCCTCCTGCATCGGCGGCGGAGGCGGCGGCGGAGCTCTTCTCCGATTACAATCGCCTCTTCGGTCTCTTCCAGTCCAACATTCCGGGGGTAATTCACCCAAACGGCGCCGTTTCACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772171.1
MSSNSLVPFQDLNHLPSTSSPAPTPLIVPKSEPKLEPLDEALPSPPPPPPASAAEAAAELFSDYNRLFGLFQSNIPGVIHPNGAVSPLPDSHPDSLALVSVPDPQSNLSNVVVLTPRGATRKYQVRSSELVRIMDLKPEDELYFRDMVRKTRMLFDSLRVFAIAEDEKERRRDALAAHRRTRGDLRAAAIMRERGLWLNRDKRIVGSMPGVFVGDVFFFRMELCVIGLHGQAQAGIDYVPSSQSSNGEPIATSIIVSGGY...
XP_057772172.1
MSSNSLVPFQDLNHLPSTSSPAPTPLIVPKSEPKLEPLDEALPSPPPPPPASAAEAAAELFSDYNRLFGLFQSNIPGVIHPNGAVSPLPDSHPDSLALVSVPDPQSNLSNVVVLTPRGATRKYQVRSSELVRIMDLKPEDELYFRDMVRKTRMLFDSLRVFAIAEDEKERRRDALAAHRRTRGDLRAAAIMRERGLWLNRDKRIVGSMPGVFVGDVFFFRMELCVIGLHGQAQAGIDYVPSSQSSNGEPIATSIIVSGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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