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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000727

染色体: Chr07 坐标: 5059507-5061820 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000727
名称SmilChr07G000727
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5059507 - 5061820 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991820
GeneID130991820
locus_tag-
NCBI NameLOC130991820
原始查询SmilChr07G000727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G12300 (AT1G12300)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837784]
identity=32.8; qcov=1.04; evalue=3.19e-104; confidence=low
RiceOs01g0783100
-
identity=34.2; qcov=0.838; evalue=4.6e-85; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057772207.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057772207.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772207.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772207.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5060243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B81,D11
Chr7:5060350 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 35 A25,B10,B100,B102,B109,B115,B140,B20,B22,B37,B57,B6,B65,B77,B84,B85,B89,C11,C42,C44,C45,C53,C6,C62,C67,C69,C70,C71,C72,C74,C79,C81,C87,D1,D3
Chr7:5060359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B41,C10,C17,C42
Chr7:5060410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr7:5060411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C81,D9
Chr7:5060466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C81,D9
Chr7:5060478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:5060481 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B125,B81,D11
Chr7:5060481 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B125,B81,D11
Chr7:5060509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:5060514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B41,C10,C17,C42
Chr7:5060526 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 39 A25,B10,B100,B102,B109,B115,B12,B140,B20,B22,B37,B40,B57,B6,B65,B77,B84,B85,B89,C11,C42,C44,C45,C46,C53,C6,C62,C67,C69,C70,C71,C72,C74,C79,C8,C81,C87,D1,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772207.1
544 aa
N
1
272
544
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF13041 PPR_2 95-143 aa PF01535 PPR 112-128 aa PF01535 PPR 168-197 aa PF13041 PPR_2 202-250 aa PF01535 PPR 207-234 aa PF23276 TPR_24 216-328 aa PF12854 PPR_1 232-265 aa PF01535 PPR 240-269 aa PF13041 PPR_2 240-285 aa PF13812 PPR_3 260-319 aa PF12854 PPR_1 267-299 aa PF01535 PPR 274-302 aa PF12854 PPR_1 304-335 aa PF13041 PPR_2 308-355 aa PF01535 PPR 310-339 aa PF13812 PPR_3 332-370 aa PF12854 PPR_1 339-368 aa PF01535 PPR 345-375 aa PF13812 PPR_3 380-425 aa PF12854 PPR_1 381-407 aa PF13041 PPR_2 381-428 aa PF01535 PPR 383-412 aa PF17177 PPR_long 393-521 aa PF13041 PPR_2 417-464 aa PF01535 PPR 419-448 aa PF13812 PPR_3 438-495 aa PF12854 PPR_1 447-479 aa PF01535 PPR 453-483 aa PF13041 PPR_2 457-499 aa PF13812 PPR_3 473-530 aa PF12854 PPR_1 481-512 aa PF01535 PPR 488-518 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 95 143 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 128 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 168 197 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 202 250 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 207 234 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 216 328 7.8e-25 88.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 232 265 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 240 269 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 240 285 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 260 319 1.5e-44 150.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 267 299 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 274 302 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 304 335 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 308 355 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 310 339 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 332 370 1.5e-44 150.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 339 368 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 375 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 380 425 1.5e-44 150.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 381 407 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 381 428 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 383 412 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 393 521 2e-22 80.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 417 464 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 448 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 438 495 1.5e-44 150.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 447 479 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 453 483 9.3e-80 258.2 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 457 499 1.5e-109 358.7 PPR repeat family
XP_057772207.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 473 530 1.5e-44 150.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772207.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 481 512 4.1e-101 331.1 PPR repeat
XP_057772207.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 488 518 9.3e-80 258.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916224.1
ACCTCAGTAGCTATTTCCCAGATCCGTTTTGTAAGCCCCTCTGTCCTCACTCCATTTCTGGTGGAATGAGAAAAGATGTTCCATTTCTCAATACCTTCAAACATTTTACTCTCAAATCAACTAAAATCTCGTTGAGCAAGATCAGGGCTTCTGCAATGGCGCTGATTCTCAGAAGAATCGCTGGTGAATTGGGTACTTTTACTCACTCCCTCTCTCTCTGCTGTTCAAATTTCCGCTACGAAAGTAAGAGGCATTTTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991820
ATGAGAAAAGATGTTCCATTTCTCAATACCTTCAAACATTTTACTCTCAAATCAACTAAAATCTCGTTGAGCAAGATCAGGGCTTCTGCAATGGCGCTGATTCTCAGAAGAATCGCTGGTGAATTGGGTACTTTTACTCACTCCCTCTCTCTCTGCTGTTCAAATTTCCGCTACGAAAGTAAGAGGCATTTTTCATCTATGCTCAGAATCGATTTCAGTTCCATAAACGACATACAATTCGCTAATTTCTTGTTTCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772207.1
MRKDVPFLNTFKHFTLKSTKISLSKIRASAMALILRRIAGELGTFTHSLSLCCSNFRYESKRHFSSMLRIDFSSINDIQFANFLFREMLRVRPQPSSAVFNKLLTTVVNMEHHSAALSMFDEMRQSGFPVNEYTFGIIMHCYCLLNRVDLGFAILGSFFKLGYDPDVVIYTTLVKGLFLDDRAIEAEKLFNKLLEDNLCEPGEFMITCLINGLCKAGYTLTACDYIELLAKRGCAANAYAYSAVIKSFCKGGMIGDALHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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