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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000754

染色体: Chr07 坐标: 5311067-5314307 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000754
名称SmilChr07G000754
描述uncharacterized SmilChr07G000754
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5311067 - 5314307 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991861
GeneID130991861
locus_tag-
NCBI NameLOC130991861
原始查询SmilChr07G000754

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0140700; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0140700; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G04530 (TPR4)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839500]
identity=50.4; qcov=0.359; evalue=1.91e-31; confidence=low
RiceOs03g0140700
-
identity=57.8; qcov=0.271; evalue=2.87e-35; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0006396 (RNA processing)
KEGG-
PfamPF25474 (TPR_TmcB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772260.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772260.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057772263.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772260.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772260.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5311536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:5311543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr7:5311572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr7:5311670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:5312610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr7:5312611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:5312754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B7,C72,C79
Chr7:5312763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B7,C72,C79
Chr7:5312906 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 6 B15,B89,C3,C39,C72,C79
Chr7:5312908 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B15,B89,C3,C39,C72,C79
Chr7:5312988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,C1,C4
Chr7:5313072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B57,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772260.1
379 aa
N
1
190
379
TPR_TmcB
C
PF25474 TPR_TmcB 263-307 aa
XP_057772261.1
379 aa
N
1
190
379
TPR_TmcB
C
PF25474 TPR_TmcB 263-307 aa
XP_057772262.1
379 aa
N
1
190
379
TPR_TmcB
C
PF25474 TPR_TmcB 263-307 aa
XP_057772263.1
376 aa
N
1
188
376
TPR_TmcB
C
PF25474 TPR_TmcB 260-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772260.1 Pfam PF25474 TPR_TmcB Repeat 263 307 3.4e-14 53.5 TmcB, TPR repeats
XP_057772261.1 Pfam PF25474 TPR_TmcB Repeat 263 307 3.4e-14 53.5 TmcB, TPR repeats
XP_057772262.1 Pfam PF25474 TPR_TmcB Repeat 263 307 3.4e-14 53.5 TmcB, TPR repeats
XP_057772263.1 Pfam PF25474 TPR_TmcB Repeat 260 304 6.4e-14 52.7 TmcB, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916279.1
TTTTTTTTTCTTTCTTAAAATAGCAAAAACGGTATATATATAAAATGAATAATAAATAAAATAAAATTAACATTAGATGGATTGATTGGTTCCGGAAAAAGAAAGCTGCAGTTGCATTGACCGCTCTTAATTGGACCTTATCTTCGTCACATGCCAACTTCCATTTCTCATCACACTTCACAACTTTCAACACTTTGCATATAAAACAATTCATCATCACCACCGCTTCTCATATTTCATCATCAATTTCTCCATTAGTT...
XM_057916278.1
TTTTTTTTTCTTTCTTAAAATAGCAAAAACGGTATATATATAAAATGAATAATAAATAAAATAAAATTAACATTAGATGGATTGATTGGTTCCGGAAAAAGAAAGCTGCAGTTGCATTGACCGCTCTTAATTGGACCTTATCTTCGTCACATGCCAACTTCCATTTCTCATCACACTTCACAACTTTCAACACTTTGCATATAAAACAATTCATCATCACCACCGCTTCTCATATTTCATCATCAATTTCTCCATTAGTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991861
ATGGCTGAATCCGCGCAGCAAAGCCATGAAGAATCGATGCTGCTGCGCACGGAGCCGTCCTTCTGTATATACACAGACGATGAATTCGGCGAGCAAGTCGGAAATGTGGAGGTGATGAGAGAAAAGATAGAGAGAGCTGCTACAATTGGGGAAAACGGTGAAACTGAGTTCAGTTTTGGGGAAAATGGGATGAGAGTGATTGAGGAAGCTGAAGACGAAGACGAAGACGAGAAAGAAGAAGAAGAGAAGACGCCGAGGAG...
LOC130991861
ATGGCTGAATCCGCGCAGCAAAGCCATGAAGAATCGATGCTGCTGCGCACGGAGCCGTCCTTCTGTATATACACAGACGATGAATTCGGCGAGCAAGTCGGAAATGTGGAGGTGATGAGAGAAAAGATAGAGAGAGCTGCTACAATTGGGGAAAACGGTGAAACTGAGTTCAGTTTTGGGGAAAATGGGATGAGAGTGATTGAGGAAGCTGAAGACGAAGACGAAGACGAGAAAGAAGAAGAAGAGAAGACGCCGAGGAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772260.1
MAESAQQSHEESMLLRTEPSFCIYTDDEFGEQVGNVEVMREKIERAATIGENGETEFSFGENGMRVIEEAEDEDEDEKEEEEKTPRRFRDLKIETGGDRISPPIFQAEGGGGDAAALNKWRSHAAYLESTGDLYGAEEYYFRATEADPKDGELLSQYAKLVWQLHGDQAKASRYFQKAVEAAPVNSDVLAAYASFLWDVDESEEGEHLSDDAQKWQVDENPAMVDSFGGDYTEEMRPSSPTLHLAMGLGLDASGFRSFDN...
XP_057772261.1
MAESAQQSHEESMLLRTEPSFCIYTDDEFGEQVGNVEVMREKIERAATIGENGETEFSFGENGMRVIEEAEDEDEDEKEEEEKTPRRFRDLKIETGGDRISPPIFQAEGGGGDAAALNKWRSHAAYLESTGDLYGAEEYYFRATEADPKDGELLSQYAKLVWQLHGDQAKASRYFQKAVEAAPVNSDVLAAYASFLWDVDESEEGEHLSDDAQKWQVDENPAMVDSFGGDYTEEMRPSSPTLHLAMGLGLDASGFRSFDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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