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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000756

染色体: Chr07 坐标: 5322106-5324888 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000756
名称SmilChr07G000756
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5322106 - 5324888 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991786
GeneID130991786
locus_tag-
NCBI NameLOC130991786
原始查询SmilChr07G000756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750-like
ArabidopsisAT4G02750 (AT4G02750)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828187]
identity=37.2; qcov=0.908; evalue=1.26e-155; confidence=medium
RiceOs09g0327200 (P0706E03.7)
-
identity=37.6; qcov=0.904; evalue=1.59e-151; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772168.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772168.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772168.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772168.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772168.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5322339 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 7 B11,B128,B136,B17,B6,C18,C67
Chr7:5322363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,C10,C42,C71
Chr7:5322390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B80,D5
Chr7:5322432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C78
Chr7:5322482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:5322563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B91,D6
Chr7:5322593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr7:5322710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:5322996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B1,B107,B35,C27
Chr7:5323023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:5323032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:5323100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B75,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772168.1
677 aa
N
1
338
677
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 39-62 aa PF13041 PPR_2 61-93 aa PF01535 PPR 64-92 aa PF13041 PPR_2 92-125 aa PF12854 PPR_1 93-121 aa PF01535 PPR 95-124 aa PF01535 PPR 126-152 aa PF01535 PPR 157-186 aa PF01535 PPR 189-217 aa PF01535 PPR 220-247 aa PF01535 PPR 251-274 aa PF01535 PPR 282-308 aa PF01535 PPR 312-338 aa PF01535 PPR 344-373 aa PF13041 PPR_2 442-489 aa PF13812 PPR_3 443-488 aa PF01535 PPR 444-472 aa PF01535 PPR 516-545 aa PF20431 E_motif 562-624 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 39 62 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 61 93 8.3e-87 285.9 PPR repeat family
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 64 92 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 92 125 8.3e-87 285.9 PPR repeat family
XP_057772168.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 93 121 2.9e-51 171.6 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 124 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 126 152 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 157 186 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 217 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 220 247 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 274 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 308 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 312 338 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 344 373 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 442 489 8.3e-87 285.9 PPR repeat family
XP_057772168.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 443 488 1.4e-22 80.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 444 472 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 516 545 6.3e-90 290.1 PPR repeat
XP_057772168.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 562 624 9e-13 49.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916185.1
TCAACTCTTAATTTCCATTCCCTTTCGTCTTTGCAGTGTCCTACTTGTAATGGAGTATGTCGTCTCACCTCAAACAAGCATTCGCGCTCACCCAATCTCTTTATCTGAAACCTTATTCAAATCACCGGACACTCACCACGGTGCTGAACTTGAAGCCCTTCAACTCAAAGATCTCAAATTTCATGAGAAACGGGCTAGTTGAGGATGCCCAACACCTATTCGACGAAATGCCTCAAAGAAATACTGTCACGTATAATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991786
ATGTCGTCTCACCTCAAACAAGCATTCGCGCTCACCCAATCTCTTTATCTGAAACCTTATTCAAATCACCGGACACTCACCACGGTGCTGAACTTGAAGCCCTTCAACTCAAAGATCTCAAATTTCATGAGAAACGGGCTAGTTGAGGATGCCCAACACCTATTCGACGAAATGCCTCAAAGAAATACTGTCACGTATAATGCTATGATCAGAGGCTACTTTCAAAACGGTTTCCACCAAAAGGCGGTGAGTTTGTATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772168.1
MSSHLKQAFALTQSLYLKPYSNHRTLTTVLNLKPFNSKISNFMRNGLVEDAQHLFDEMPQRNTVTYNAMIRGYFQNGFHQKAVSLYKQMSVRDIFSYNTMIFGLMKCGDVKEAEGVFESMKHRDIISWNSMILGYVDNDMMSEAVRVFVAMPFRDIVSWNLVLGGLVKVEKFDLAVEMFGGMVMRDVASWTIMVKAFVGAGNIVEARRIFDDMPMKDVGAWNTMIGGYVQQKFVEIAQGLFHKMPEKDGNSWSVMIDGFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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