当前解析结果
SmilChr07G000757| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000757 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000757 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000757 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5327497 - 5328980 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991872 |
|---|---|
| GeneID | 130991872 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991872 |
| 原始查询 | SmilChr07G000757 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsFbox269; symbol=OsFbox269; hit=Os05g0535200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | OsFbox269; symbol=OsFbox269; hit=Os05g0535200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os05g0535200 (OsFbox269)- identity=26.4; qcov=0.822; evalue=2.53e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991872 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772291.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772291.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772291.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772291.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772291.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5327811 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B11,B128,B136,B17,B6,C18,C67 |
Chr7:5327857 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr7:5327964 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:5328036 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,B138,B40,B91 |
Chr7:5328060 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A6,B45 |
Chr7:5328060 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A6,B45 |
Chr7:5328067 |
A |
ACT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C48 |
Chr7:5328067 |
A |
ACT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr7:5328114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr7:5328198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:5328280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B1,B107,B35,C27 |
Chr7:5328333 |
A |
ACT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | A11,B93,C5,C61,C64,C66,C82,C85,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772291.1PF23622
LRR_At1g61320_AtMIF1 68-293 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772291.1 |
Pfam | PF23622 |
LRR_At1g61320_AtMIF1 | Repeat | 68 | 293 | 8.7e-11 | 42.5 | At1g61320/AtMIF1, LRR domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。