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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000765

染色体: Chr07 坐标: 5366157-5366912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000765
名称SmilChr07G000765
描述major allergen Pru ar 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5366157 - 5366912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991913
GeneID130991913
locus_tag-
NCBI NameLOC130991913
原始查询SmilChr07G000765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述major allergen Pru ar 1-like
产物major allergen Pru ar 1-like
ArabidopsisAT1G24020 (MLP423)
MLP-like protein 423 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839014]
identity=32; qcov=0.987; evalue=1.3e-14; confidence=low
RiceOs03g0300400 (JIOsPR10)
-
identity=36.4; qcov=0.975; evalue=2.08e-29; confidence=medium
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772349.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772349.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772349.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772349.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772349.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5366293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B5,B67,B9,C12,C50
Chr7:5366340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B77
Chr7:5366345 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 7 A10,A18,B130,B135,B137,B14,C18
Chr7:5366366 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 C46
Chr7:5366366 A AGC 2bp_insertion CDS_variant 1 C46
Chr7:5366456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B117,B91,D6
Chr7:5366498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr7:5366618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:5366625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C4,C71
Chr7:5366703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B44,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772349.1
158 aa
N
1
79
158
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 1-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772349.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 1 154 5.5e-29 101.7 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916366.1
ATTTCAAACAAACACAAACAAATACTCTTTCATTGCTTTTCCATATATATATATATTTCTTTCAATTTCAAGCTAAAAAATCAGAGCCATGGTTGCTATCACCTATGATATGGAGATCCCTTCCTCCATCCCAGCCGCAAGAATATTCAAAGCCATGGTGCTCGACGCCGACACCCTCATCCCCAAGATCCTGCCTCAGGCCATCAAGAATGTCGAGATCTTGGAAGGGGATGGCGGCGTTGGCACCGTCAAGATCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991913
ATGGTTGCTATCACCTATGATATGGAGATCCCTTCCTCCATCCCAGCCGCAAGAATATTCAAAGCCATGGTGCTCGACGCCGACACCCTCATCCCCAAGATCCTGCCTCAGGCCATCAAGAATGTCGAGATCTTGGAAGGGGATGGCGGCGTTGGCACCGTCAAGATCATTCATTTTGGCGAAGGGAGTCAGTATAAGAGCGTCAAGCACCGTGTCGAGGCCATTGACAAGGAGAACTTGACACACACCTACAGCATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772349.1
MVAITYDMEIPSSIPAARIFKAMVLDADTLIPKILPQAIKNVEILEGDGGVGTVKIIHFGEGSQYKSVKHRVEAIDKENLTHTYSIIEGDALSDVIESITYHIKIVPTEDGGSICKNRSIYNTKGDVEISEEKIKEGKEKAMAMFKAIEAYLHANSDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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