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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000781

染色体: Chr07 坐标: 5501679-5504188 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000781
名称SmilChr07G000781
描述actin-depolymerizing factor 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5501679 - 5504188 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991923
GeneID130991923
locus_tag-
NCBI NameLOC130991923
原始查询SmilChr07G000781

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-depolymerizing factor 1-like
产物actin-depolymerizing factor 1-like
ArabidopsisAT3G46010 (ADF1)
actin depolymerizing factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823744]
identity=80.6; qcov=1.01; evalue=3.2e-84; confidence=high
RiceOs02g0663800 (OsADF1)
-
identity=74.6; qcov=1.01; evalue=2.96e-77; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030042 (actin filament depolymerization); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF00241 (Cofilin_ADF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057772361.1
2 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057772361.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057772361.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057772361.1
5 Pseudopodium Pseudopodium 0.40000 XP_057772361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5503488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:5503491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr7:5503812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B44,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772361.1
137 aa
N
1
68
137
Cofilin_ADF
C
PF00241 Cofilin_ADF 7-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772361.1 Pfam PF00241 Cofilin_ADF Domain 7 136 3.8e-40 137.3 Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916378.1
GTATGAAGGGTAGTCTCGACAATTCACATTATTCCGCTCACCAAAAAGCAAATAATAATTTATTTTCTTTTCTGTGGAATTTTGTTGTCTGTGAACATAGTCATTTCTGGTCTCATCTCTCTCATCTCCATCGACTCCTTTTTTTTCGCAGCCCTAGAATTTCTCTCTCTAAATTTCGCCTCAAAATCTCTCGATCTTCTCCGATCATCCCTCGCTACCATGGCCAATTCAGCTTCAGGAATTGCTGTGCACGACGAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991923
ATGGCCAATTCAGCTTCAGGAATTGCTGTGCACGACGAGTGCAAGCTGAAGTTCATGGAGTTGAAAACTAAGCGAACACACCGTTTCATTGTTTTCAAGATTGAAGAGAAGCAGGTTATCGTGGAGAAGCTTGGAGAACCGGTTGAAACTTATGATGACTTTACTGCATGCCTTCCTGCCGATGAGTGCAGATATGCAATTTATGACTTTGACTATTTCACCGAAGAGAATGTCCCAAAGAGCAGGATATTCTTCATCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772361.1
MANSASGIAVHDECKLKFMELKTKRTHRFIVFKIEEKQVIVEKLGEPVETYDDFTACLPADECRYAIYDFDYFTEENVPKSRIFFIAWCPDTAKVRSKMIYASSKDRFKRELDGIQIELQATDPTEMGLDVFKSRAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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