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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000797

染色体: Chr07 坐标: 5624112-5626461 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000797
名称SmilChr07G000797
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5624112 - 5626461 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991968
GeneID130991968
locus_tag-
NCBI NameLOC130991968
原始查询SmilChr07G000797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9-like
产物mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9-like
ArabidopsisAT3G46560 (TIM9)
Tim10/DDP family zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823809]
identity=57; qcov=1; evalue=5.6e-33; confidence=medium
RiceOs12g0571200 (TIM9)
-
identity=62.5; qcov=0.946; evalue=1.08e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02953 (zf-Tim10_DDP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772385.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057772385.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057772385.1
4 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.20000 XP_057772385.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5624346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B51,B95,C42,C62
Chr7:5624403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B55,C28
Chr7:5626006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B22,C32,C68,D2
Chr7:5626063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B136,B8,B93
Chr7:5626126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B133,B34,C83,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772385.1
93 aa
N
1
46
93
zf-Tim10_DDP
C
PF02953 zf-Tim10_DDP 24-85 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772385.1 Pfam PF02953 zf-Tim10_DDP Domain 24 85 5.5e-18 65.0 Tim10/DDP family zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916402.1
AAAATATGGAGGTTTTACTTCAGCGTTTCATTTTTAGTTGGAAAATCAAGTCCCTCAATTCTTTAGCCTTTTGGCAGGGGACGGCGCCGTACTGGTTAAACCCTTAAAACCTAAACCCTAACTTGTGTGCCAATTCTTGAGCTATATAAACGAAGCGCAATTTCCATTTTAGAAACAATATATTCAGGTCCATCTATTCAAGCTTCAATTAATGGATAAGAACTTCCTAGCAACGGATCTCTCATCTCTCTCCGAGTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991968
ATGGATAAGAACTTCCTAGCAACGGATCTCTCATCTCTCTCCGAGTCGGATCAAGCCCGAATTTCTTCGATTATCGACCAGATGCAAACGCGCGACAGCCTTAGTTTGTATAACAAGCTTTCACAAAGATGCTTCGATGACTGTGTAACAACCTTCTACCGTAAAGCACTAGGTAAGCAAGAAGAAATTTGTGTGAGGAGATGCACAGAGAAGTTCTTGAGGCTCTCAACAAGGGTGGCGATGAGGTTTGCTGAACTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772385.1
MDKNFLATDLSSLSESDQARISSIIDQMQTRDSLSLYNKLSQRCFDDCVTTFYRKALGKQEEICVRRCTEKFLRLSTRVAMRFAELNQDGSPQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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