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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000800

染色体: Chr07 坐标: 5639963-5641392 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000800
名称SmilChr07G000800
描述uncharacterized SmilChr07G000800
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5639963 - 5641392 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993752
GeneID130993752
locus_tag-
NCBI NameLOC130993752
原始查询SmilChr07G000800

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=36.2; qcov=0.46; evalue=2.83e-41; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774772.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057774772.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057774772.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774772.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057774772.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5639993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr7:5639995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C84
Chr7:5639996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:5640041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B87,C48,C51
Chr7:5640101 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B101,B108,B122,B50,C23,C57
Chr7:5640111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr7:5640115 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A20,B132,B135,B30,B45,B54,B68,B72,B79,C26,C43,C44
Chr7:5640145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B134,B54,C5
Chr7:5640170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B61,B7
Chr7:5640181 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A14,A18,A2,B101,B103,B106,B108,B110,B124,B127,B129,B137,B21,B22,B41,B46,B52,B75,B84,B91,C25,C31,C48,C53,C71,C72,C84,D1
Chr7:5640192 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B101,B108,B122,B29,B50,C23
Chr7:5640260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918789.1
ATGGTACCAGCAAACAGGAAGAAGAAGTTGTCCATGGATCAAAAAAACTGTCTAGCACAATTCCTACTCCAAAATCAGCAGCTTGATGGAACTATACGTCACAAAGCTCAAAAAGAGGCTGCACAAATGTATGGATTAACCACAAGGTCAGTTAGAAGAATTTGGATGGAAGTAAAGCATCAACAATCTCAAGGTATTCCAGTGCATTTTCAGCAGAGAAGCAGAGGCATCATACATAAAGATAAGTGGAAAATTGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993752
ATGGTACCAGCAAACAGGAAGAAGAAGTTGTCCATGGATCAAAAAAACTGTCTAGCACAATTCCTACTCCAAAATCAGCAGCTTGATGGAACTATACGTCACAAAGCTCAAAAAGAGGCTGCACAAATGTATGGATTAACCACAAGGTCAGTTAGAAGAATTTGGATGGAAGTAAAGCATCAACAATCTCAAGGTATTCCAGTGCATTTTCAGCAGAGAAGCAGAGGCATCATACATAAAGATAAGTGGAAAATTGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774772.1
MVPANRKKKLSMDQKNCLAQFLLQNQQLDGTIRHKAQKEAAQMYGLTTRSVRRIWMEVKHQQSQGIPVHFQQRSRGIIHKDKWKIDEEKIRNLSVLERSTIRKMAKKLNVSKSLLGIWIKEKLIRPHTSAIKPALSKVNKLARLKFALSHLRFDDDTLKFQSMRNVIHIDEKWFFMTKTTDRYYLLPNEIEPHRSCQSKRFIQKVMFMSVVGRPHFSSEGECLFDGKYGIFPFTTQEPAKRKSKNRSKGTLETKAIQSIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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