当前解析结果
SmilChr07G000800| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000800 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000800 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000800 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5639963 - 5641392 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993752 |
|---|---|
| GeneID | 130993752 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993752 |
| 原始查询 | SmilChr07G000800 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=36.2; qcov=0.46; evalue=2.83e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993752 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774772.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057774772.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057774772.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057774772.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057774772.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5639993 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr7:5639995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,C84 |
Chr7:5639996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr7:5640041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B87,C48,C51 |
Chr7:5640101 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B101,B108,B122,B50,C23,C57 |
Chr7:5640111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr7:5640115 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A20,B132,B135,B30,B45,B54,B68,B72,B79,C26,C43,C44 |
Chr7:5640145 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B134,B54,C5 |
Chr7:5640170 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B27,B61,B7 |
Chr7:5640181 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 28 | A14,A18,A2,B101,B103,B106,B108,B110,B124,B127,B129,B137,B21,B22,B41,B46,B52,B75,B84,B91,C25,C31,C48,C53,C71,C72,C84,D1 |
Chr7:5640192 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B101,B108,B122,B29,B50,C23 |
Chr7:5640260 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。