当前解析结果
SmilChr07G000801| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000801 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000801 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000801 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5645273 - 5647729 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991970 |
|---|---|
| GeneID | 130991970 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991970 |
| 原始查询 | SmilChr07G000801 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836032]; symbol=AT5G59140; hit=AT5G59140; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836032]; symbol=AT5G59140; hit=AT5G59140; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G59140 (AT5G59140)BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836032] identity=85.3; qcov=0.969; evalue=1.8e-57; confidence=high |
| Rice | Os11g0707700- identity=83.9; qcov=0.949; evalue=2.71e-52; confidence=high |
| GO | GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0030674 (protein-macromolecule adaptor activity); GO:0070449 (elongin complex) |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03931 (Skp1_POZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991970 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772387.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057772387.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772387.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057772387.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772387.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5645553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B14,B38,B39,B65,C3 |
Chr7:5647174 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772387.1PF03931
Skp1_POZ 6-66 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772387.1 |
Pfam | PF03931 |
Skp1_POZ | Domain | 6 | 66 | 4.6e-08 | 33.8 | Skp1 family, tetramerisation domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。