当前解析结果
SmilChr07G000803| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000803 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000803 |
| 描述 | syntaxin-related protein KNOLLE-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5652832 - 5653870 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993753 |
|---|---|
| GeneID | 130993753 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993753 |
| 原始查询 | SmilChr07G000803 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | syntaxin-related protein KNOLLE-like |
| 产物 | syntaxin-related protein KNOLLE-like |
| Arabidopsis | AT1G08560 (SYP111)syntaxin of plants 111 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837378] identity=74.1; qcov=0.794; evalue=1.72e-42; confidence=medium |
| Rice | Os03g0736500 (KN)- identity=69.4; qcov=0.794; evalue=2.46e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05739 (SNARE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993753 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057774773.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057774773.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057774773.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057774773.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057774773.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5652842 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A4,B102,B105,B108,B129,B21,B26,B44,B57,B9,C73,D7 |
Chr7:5652843 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A4,B102,B105,B108,B129,B21,B26,B44,B57,B9,C73,D7 |
Chr7:5652875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr7:5652907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B83,C15 |
Chr7:5652927 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B123,C1,C67 |
Chr7:5652934 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B29,C48 |
Chr7:5652964 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B14,B59,C47,C57 |
Chr7:5652982 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B46 |
Chr7:5652985 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr7:5653027 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr7:5653839 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B137,B22,C32,C68,D2,D8 |
Chr7:5653841 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 107 | A15,A19,A2,A21,A25,A3,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B105,B106,B109,B11,B111,B112,B113,B12,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B138,B17,B18,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B31,B35,B4,B46,B52,B53,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B7,B70,B71,B73,B8,B81,B83,B84,B89,B9,B91,B93,B96,B97,B98,C12,C15,C16,C18,C20,C22,C26,C29,C33,C34,C38,C40,C44,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C53,C54,C6,C60,C63,C67,C69,C71,C74,C77,C79,C80,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774773.1PF05739
SNARE 27-103 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774773.1 |
Pfam | PF05739 |
SNARE | Domain | 27 | 103 | 6.4e-27 | 93.9 | SNARE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。