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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000808

染色体: Chr07 坐标: 5692776-5694586 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000808
名称SmilChr07G000808
描述uncharacterized SmilChr07G000808
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5692776 - 5694586 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991975
GeneID130991975
locus_tag-
NCBI NameLOC130991975
原始查询SmilChr07G000808

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836024]; symbol=AT5G59070; hit=AT5G59070; species=arabidopsis; confidence=high
产物UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836024]; symbol=AT5G59070; hit=AT5G59070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G59070 (AT5G59070)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836024]
identity=61.6; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0653200
-
identity=45.2; qcov=0.914; evalue=5.28e-120; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00534 (Glycos_transf_1); PF13439 (Glyco_transf_4); PF13692 (Glyco_trans_1_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057772392.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057772392.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772392.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772392.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772392.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5693168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:5693204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B99
Chr7:5693342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr7:5693383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:5693399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:5693503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B99
Chr7:5693594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A25,B4,B71
Chr7:5693648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:5693711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B33,B53,B69,C77
Chr7:5693740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:5693790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B8
Chr7:5693843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A16,B4,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772392.1
479 aa
N
1
240
479
Glyco_transf_4
Glycos_transf_1
Glyco_trans_1_4
C
PF13439 Glyco_transf_4 93-264 aa PF00534 Glycos_transf_1 285-430 aa PF13692 Glyco_trans_1_4 288-427 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772392.1 Pfam PF13439 Glyco_transf_4 Domain 93 264 1e-15 58.9 Glycosyltransferase Family 4
XP_057772392.1 Pfam PF00534 Glycos_transf_1 Domain 285 430 9.9e-16 58.5 Glycosyl transferases group 1
XP_057772392.1 Pfam PF13692 Glyco_trans_1_4 Domain 288 427 7.6e-16 59.4 Glycosyl transferases group 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916409.1
ATGGCGAAGGACCAAGCGTCGCACCTGAGTTTGCGCCGCAGATGCTATCTGCTTCTCTTGCTGTCGTTTTTCTCCTCGTTCCTGTTCGTCTGTTGGTCTTACTTCTCCAACGGCTGCCACACCGATGTCCAGATTGTAGTCGAGGCAGATAAGAGGGAGTCGAACCTTCTTGCCTTTCAAGCTGCATGGAATTCGCTTCAATTACCTTCCGGGGCACCTTCAAGATTGCTCAAGCTAGCTGTTTTCGTCAAGAAATGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991975
ATGGCGAAGGACCAAGCGTCGCACCTGAGTTTGCGCCGCAGATGCTATCTGCTTCTCTTGCTGTCGTTTTTCTCCTCGTTCCTGTTCGTCTGTTGGTCTTACTTCTCCAACGGCTGCCACACCGATGTCCAGATTGTAGTCGAGGCAGATAAGAGGGAGTCGAACCTTCTTGCCTTTCAAGCTGCATGGAATTCGCTTCAATTACCTTCCGGGGCACCTTCAAGATTGCTCAAGCTAGCTGTTTTCGTCAAGAAATGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772392.1
MAKDQASHLSLRRRCYLLLLLSFFSSFLFVCWSYFSNGCHTDVQIVVEADKRESNLLAFQAAWNSLQLPSGAPSRLLKLAVFVKKWPDKHHAGGLERHAMTLHRDLARRGHELHVFTSASTNVTSMKNLHFHLSKPTAAGYLDQATIWKQFQVENSTGRPFDVVHTESVGLMHFRARNLNNIAVSWHGIAYESIHSDIIQELLRAPQDNQSSILAERVTKVIEEIRFFPRYAHHVATSDHVGDVLKRIYMLPEERVHIIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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