Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000817`

染色体: Chr07 坐标: 5766816-5772255 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000817`
名称	SmilChr07G000817
描述	disease resistance protein TAO1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	5766816 - 5772255 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991985`
GeneID	`130991985`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991985`
原始查询	`SmilChr07G000817`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein TAO1-like
产物	disease resistance protein TAO1-like
Arabidopsis	`AT3G14470` (AT3G14470) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=31.8; qcov=0.664; evalue=9.52e-25; confidence=low
Rice	`Os07g0521100` - identity=28.9; qcov=0.888; evalue=1.23e-29; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772408.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057772408.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057772408.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057772408.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772408.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:5767514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C56
`Chr7:5767568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B46,B59,C63
`Chr7:5767592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B51,B92,C49
`Chr7:5767655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr7:5767679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr7:5767753`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A25,B115,B140,B37,B48,B50,B65,B69,C35,C45,C53,C58,C6,C62,C69,C70,C71,C72,C74,C79,C8,C87,D3
`Chr7:5767756`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	23	A25,B115,B140,B37,B48,B50,B65,B69,C35,C45,C53,C58,C6,C62,C69,C70,C71,C72,C74,C79,C8,C87,D3
`Chr7:5767770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C46
`Chr7:5767785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr7:5767799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr7:5767814`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	45	A10,A7,B100,B107,B115,B118,B140,B20,B22,B23,B37,B41,B50,B6,B70,B74,B77,B78,B79,C18,C2,C27,C31,C32,C35,C42,C47,C53,C6,C62,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C74,C79,C8,C82,C87,D2,D3,D7
`Chr7:5767816`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	B114,B129,B138,B14,B18,B23,B38,B39,B65,B97,C3,C34,C5,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772408.1

545 aa

272

545

LRR_14

LRR_R13L1-DRL21

PF23598 LRR_14 3-198 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 41-177 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 190-249 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772408.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	3	198	1.4e-26	93.8	Leucine-rich repeat region
`XP_057772408.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	41	177	2.2e-50	170.5	R13L1/DRL21 LRRs
`XP_057772408.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	190	249	2.2e-50	170.5	R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916425.1
GATTGAGCTTTGATAATTTGTCTTCACCGTCACTCAAGAAGTGCTTCACATACTGTTCAATTTTCCCAAAAGGTGGCAAAATTGTGAAGCAGGAGCTGATTGAACAATGGATGGCAGAAGGTTTTCTTCAGCCAAATCGAAGAGATGATATGGAGTCTGTGGGCGACATGTTCTTTAATATTCTTCTACAAAACTCTTTGTTGCAAGTTGCAGAGAGAGATGATATTGGAAATGTGGAGAGTTGTGTGATGCACGATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991985
ATGATTAACTTAAGGCATGTTTATATCGACGATGGTGTGAAGTTGCCTGCGGAAATTGGGAGATTAACTTGTCTCCAAACCCTAAGGCACTTTAGAGTGGGTGACCACAAGGGCTATCGAATTGAAGAGCTGGGAAGTTTGAAGAATCTCAAAGGAAAACTAAAGATTAGTAGTTTGGAAAAGGTGCATAGCAAAGAAGAGGCAGAGAAAGCAAAGATATTTGAGAAGCCAAACTTATTTGATTTGGGGTTTGAATGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772408.1
MINLRHVYIDDGVKLPAEIGRLTCLQTLRHFRVGDHKGYRIEELGSLKNLKGKLKISSLEKVHSKEEAEKAKIFEKPNLFDLGFEWDEKREGERNDDEGVLEGLQPHANANLKKLEIDGFKGKRFPEWIEKMAVRDGPQASWLPLTNLIQITLERCSECEEIPQLEHLPNLKSLSLIGLEKVRFINSSFNNLTSLKIEELEGLECLPDWLFYKNQNLSELEIWKCPRLRELPDGLDTLNSLEKLTIYECRNVKSIGNPSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器