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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000820

染色体: Chr07 坐标: 5790151-5793314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000820
名称SmilChr07G000820
描述uncharacterized SmilChr07G000820
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5790151 - 5793314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991989
GeneID130991989
locus_tag-
NCBI NameLOC130991989
原始查询SmilChr07G000820

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060]; symbol=AT5G59410; hit=AT5G59410; species=arabidopsis; confidence=high
产物Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060]; symbol=AT5G59410; hit=AT5G59410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G59410 (AT5G59410)
Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060]
identity=75.2; qcov=1; evalue=2.03e-71; confidence=high
RiceOs05g0110600
-
identity=60.1; qcov=1; evalue=4.19e-55; confidence=high
GOGO:0097250 (mitochondrial respirasome assembly)
KEGG-
PfamPF07019 (EMC6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057772415.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057772415.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057772415.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772415.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772415.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5790563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B34
Chr7:5791741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:5791819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:5792784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:5792820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772415.1
133 aa
N
1
66
133
EMC6
C
PF07019 EMC6 49-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772415.1 Pfam PF07019 EMC6 Family 49 128 7.4e-18 65.5 EMC6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916432.1
TTTGCCTTTTCCCCAACAAAGATCAAATCTCAGGTTAAATTATTAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGTGAGTATAATTCTGATACACGTCCAGAGATAGAGAGGGAGAAGGAGAGACCAAAAGGCAGTATAAAACTCACAGCTGTAGCAAGTTTATCGCCGGCCACATCACGTGCTCTGCAAATTCTCTTCGTCTCTCTCTCAATTTTTCGATTGTTTATGCTCTGAATCATATCGGTCTTCTGATTCTCCCTTTTCCCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991989
ATGAGAGAGAGGAAATCGGCGAAGTTGAATCAACAACAGCAGCAGCCGCAGCTGCAGCATCATCCGAATGGTCACTTGTCTCCGTTTAAATTGGCGAAATTGTTAGATCCTGATGCTTCATGGGACAAGGATCAGCTTGGAGACGTGCTACATTGGATTAGACAAGCATTGGGCCTTCTTTGTGGATTAATATGGGGTGCGATTCCTCTAGTTGGGGGAGTCTGGTTTCTCCTGTTTGCAGTGTTATCTACGGGGATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772415.1
MRERKSAKLNQQQQQPQLQHHPNGHLSPFKLAKLLDPDASWDKDQLGDVLHWIRQALGLLCGLIWGAIPLVGGVWFLLFAVLSTGIIYAYYALVLKVDEEEFGGHGALLQEGLFASMSLFLLAWILVYSLAHF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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