当前解析结果
SmilChr07G000828| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000828 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000828 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000828 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5860076 - 5866220 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991997 |
|---|---|
| GeneID | 130991997 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991997 |
| 原始查询 | SmilChr07G000828 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833703]; symbol=AT5G37290; hit=AT5G37290; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833703]; symbol=AT5G37290; hit=AT5G37290; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G37290 (AT5G37290)ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833703] identity=70.5; qcov=0.989; evalue=2.43e-96; confidence=high |
| Rice | Os11g0546200- identity=69.7; qcov=0.983; evalue=1.9e-95; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00514 (Arm) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991997 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772428.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772428.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772428.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772428.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772428.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5863010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr7:5864864 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr7:5864897 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B129 |
Chr7:5864897 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr7:5865824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,D5 |
Chr7:5865838 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772428.1PF00514
Arm 96-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772428.1 |
Pfam | PF00514 |
Arm | Repeat | 96 | 133 | 1.8e-12 | 47.5 | Armadillo/beta-catenin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。