Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000833`

染色体: Chr07 坐标: 5920437-5926312 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000833`
名称	SmilChr07G000833
描述	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 7, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	5920437 - 5926312 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992002`
GeneID	`130992002`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992002`
原始查询	`SmilChr07G000833`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 7, chloroplastic-like
产物	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 7%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G58870` (ftsh9) FTSH protease 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836004] identity=81.4; qcov=0.857; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0649700` (OsFtsH7) - identity=79.2; qcov=0.862; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF01434 (Peptidase_M41); PF06480 (FtsH_ext); PF17862 (AAA_lid_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992002

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057772432.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057772432.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057772432.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057772432.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772432.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:5920954`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B44
`Chr7:5921114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,B93
`Chr7:5921171`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B34,B63,B70,B83,C56
`Chr7:5921213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr7:5921498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B133,D1
`Chr7:5922652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr7:5922654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,C18,C84,C87
`Chr7:5922851`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr7:5922852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,B83,C59,C86
`Chr7:5922917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:5923332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C12,C24
`Chr7:5923343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B95,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772432.1

807 aa

404

807

FtsH_ext

AAA

AAA_lid_3

Peptidase_M41

PF06480 FtsH_ext 149-266 aa PF00004 AAA 367-500 aa PF17862 AAA_lid_3 525-567 aa PF01434 Peptidase_M41 586-778 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772432.1`	Pfam	`PF06480`	FtsH_ext	Family	149	266	4.6e-07	30.7	FtsH Extracellular
`XP_057772432.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	367	500	5.2e-44	150.6	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057772432.1`	Pfam	`PF17862`	AAA_lid_3	Domain	525	567	1.2e-13	51.1	AAA+ lid domain
`XP_057772432.1`	Pfam	`PF01434`	Peptidase_M41	Domain	586	778	1e-35	124.1	Peptidase family M41

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916449.1
AAAACGAAAAACACTAACTCGTGCTTCATTTTCAACGGTCAGAAACCACCGTCGTCGGCATATCCAACGCCCTATGTTGCGTTCTTCAACCCCCTACTCTCTCCCACACATCTCCCCGCTCTCAAAAAATCTCCGTCTCTCTCTCTCTCTGTAAATGTGTCTATGTATATATATATATATACATGTATTCTTGAATCGCGTGCTTTCAATTTGATTTAATTTTTACCAGAATTATTTTATTCCCCAATGGCTGTCGCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992002
ATGGCTGTCGCGGTAGACACGACGATAATCTACAGACGAATTTCGACGTTTAGATACAACAATTCCAATTATGTTCAGAATTACAGCTTAGTTTGCAGTCGGTATAGAGCTTTCAACGTGAAATCGAATCGTCACCTCCACGATACATCGCCGTTCCGACTGCAGCCTAGGGTTTCCAAGCTGCAGGGGTATTTTCTGCGGAATCATATGAATTGGAAGTTTACGAAGATCTACGCCAACAGTCCTCGCGAGCACGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772432.1
MAVAVDTTIIYRRISTFRYNNSNYVQNYSLVCSRYRAFNVKSNRHLHDTSPFRLQPRVSKLQGYFLRNHMNWKFTKIYANSPREHDTDSAEKPEASTGPESPKKPGGAASGSGRREKQGKNNWWGNNSNKWKWQPIIHAQEMGVLLIQLGIVMFVMRLLRPGIPLPGSEPRTPTTFVTVPYSEFVSKINGNQVQKVEVDGVHIMFKLKRESGVVESGVGEVNSKFQDSDSLLKTVTPTKRVVYTTTRPVDIKTPYEKMLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器