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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000840

染色体: Chr07 坐标: 5980793-5985184 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000840
名称SmilChr07G000840
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 8.2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5980793 - 5985184 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992009
GeneID130992009
locus_tag-
NCBI NameLOC130992009
原始查询SmilChr07G000840

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 8.2-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 8.2-like
ArabidopsisAT3G54140 (PTR1)
peptide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824581]
identity=68.1; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0142800 (OsNPF8.1)
-
identity=68.8; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006857 (oligopeptide transport); GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00854 (PTR2); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772442.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772442.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772442.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772442.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772442.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5982105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B125,C33
Chr7:5982162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B74,C29,C55
Chr7:5982218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:5982630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,C15,D6
Chr7:5982653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B125,C33
Chr7:5982700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:5982778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C29,C55
Chr7:5983305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B125,B9,B91,C33
Chr7:5983320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B125,C33
Chr7:5983398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B85,C26,D7
Chr7:5983419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A25,B127,B71,B88
Chr7:5983435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772442.1
570 aa
N
1
285
570
MFS_1
PTR2
C
PF07690 MFS_1 46-505 aa PF00854 PTR2 97-526 aa
XP_057772443.1
570 aa
N
1
285
570
MFS_1
PTR2
C
PF07690 MFS_1 46-505 aa PF00854 PTR2 97-526 aa
XP_057772444.1
570 aa
N
1
285
570
MFS_1
PTR2
C
PF07690 MFS_1 46-505 aa PF00854 PTR2 97-526 aa
XP_057772445.1
570 aa
N
1
285
570
MFS_1
PTR2
C
PF07690 MFS_1 46-505 aa PF00854 PTR2 97-526 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772442.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 46 505 9.8e-13 48.5 Major Facilitator Superfamily
XP_057772442.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 97 526 7.2e-123 411.1 POT family
XP_057772443.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 46 505 9.8e-13 48.5 Major Facilitator Superfamily
XP_057772443.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 97 526 7.2e-123 411.1 POT family
XP_057772444.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 46 505 9.8e-13 48.5 Major Facilitator Superfamily
XP_057772444.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 97 526 7.2e-123 411.1 POT family
XP_057772445.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 46 505 9.8e-13 48.5 Major Facilitator Superfamily
XP_057772445.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 97 526 7.2e-123 411.1 POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916459.1
AAAAAATTCAAAGAATGATGATCGAAAACGGTGGTGGGCTGATGATGGGCTCTGCCAAAAAAGAAACAAAGTGTGGTGTGGAAAGCGGATTTCTCCATTCCAAACTTTCCGCGTTCCCATTTTGCTTAATCTTGTCCACTTGTAGATTCCGCTTTCGTCATTTACCAAACAAGTCAACTTCTTGACTATCTTGATTCTTGTGAACAAAACCAGCTCTCTCTCACCAATCGAGGCAACTTCATCGCGCCTTTCAAGGAGCA...
XM_057916460.1
AAAACGGTGGTGGGCTGATGATGGGCTCTGCCAAAAAAGAAACAAAGTGTGGTGTGGAAAGCGGATTTCTCCATTCCAAACTTTCCGCGTTCCCATTTTGCTTAATCTTGTCCACTTGTAGATTCCGCTTTCGTCATTTACCAAACAAGTCAACTTCTTGACTATCTTGATTCTTGTGAACAAAACCAGCTCTCTCTCACCAATCGAGGCAACTTCATCGCGCCTTTCAAGGAGCACAGGTTTCGACTCATTCTCGTTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992009
ATGGCGGAAGATAATGAGTATACCAAAGATGGGACGGTTGATTACCGCGGTGATCCTGCAAAGAGGAGCGAGACGGGAACATGGAAAGCCTGCCCTTATATTTTAGGGAACGAATGCTGCGAGCGGTTGGCATACTATGGGATGAGCTCTAATCTGGTGGTTTATTTCAAGGAGCGCCTCAACCAACACAACACCACTGCTTCTAACAATGTCTCCAATTGGTCGGGAACGTGCTACATCACGCCACTCATCGGAGCCTT...
LOC130992009
ATGGCGGAAGATAATGAGTATACCAAAGATGGGACGGTTGATTACCGCGGTGATCCTGCAAAGAGGAGCGAGACGGGAACATGGAAAGCCTGCCCTTATATTTTAGGGAACGAATGCTGCGAGCGGTTGGCATACTATGGGATGAGCTCTAATCTGGTGGTTTATTTCAAGGAGCGCCTCAACCAACACAACACCACTGCTTCTAACAATGTCTCCAATTGGTCGGGAACGTGCTACATCACGCCACTCATCGGAGCCTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772442.1
MAEDNEYTKDGTVDYRGDPAKRSETGTWKACPYILGNECCERLAYYGMSSNLVVYFKERLNQHNTTASNNVSNWSGTCYITPLIGAFVADAYLGRYYTIASFSIIYVIGMTLLTLSASVPGLRPACHGKDDCHATTMQSVVCFIALYLIALGTGGIKPCVSSFGADQFEDTNEVEKKHKSSFFNWFYFSINIGAMVASSVLVWVQMNVGWGWGFGIPAVTMAIAVAFFFSGTRLYRNQKPGGSPLTRICQVLVASFRKFH...
XP_057772443.1
MAEDNEYTKDGTVDYRGDPAKRSETGTWKACPYILGNECCERLAYYGMSSNLVVYFKERLNQHNTTASNNVSNWSGTCYITPLIGAFVADAYLGRYYTIASFSIIYVIGMTLLTLSASVPGLRPACHGKDDCHATTMQSVVCFIALYLIALGTGGIKPCVSSFGADQFEDTNEVEKKHKSSFFNWFYFSINIGAMVASSVLVWVQMNVGWGWGFGIPAVTMAIAVAFFFSGTRLYRNQKPGGSPLTRICQVLVASFRKFH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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