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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000847

染色体: Chr07 坐标: 6030157-6032373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000847
名称SmilChr07G000847
描述uncharacterized SmilChr07G000847
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6030157 - 6032373 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992020
GeneID130992020
locus_tag-
NCBI NameLOC130992020
原始查询SmilChr07G000847

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0265900; species=rice; confidence=high
产物hit=Os03g0265900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G37300 (MEE59)
maternal effect embryo arrest 59 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829885]
identity=39.8; qcov=1.07; evalue=1.31e-28; confidence=medium
RiceOs03g0265900
-
identity=58.6; qcov=0.988; evalue=6e-55; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772460.1
2 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057772460.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772460.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772460.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772460.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6030571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr7:6030697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr7:6031190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C48
Chr7:6032012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916477.1
AATGGACACTCTAAAAAAATAGCATTATTGGGAGTACTATTTAGACTTGGAGCTACTAGATAAGCCTTCGAATTATTTTATTACTTTTAAAAGGAAAAAATAAGACAAGCCTCTGAATTATTGGATCAAGTGTCATAAATCAGCAAGGACCAAAAAAAAAGAAGCCGTACAAAATTGCAGAAATATCTCATCCGCCAATAAGTACTGATTATCTATCTTCTTCTTCTTCAACATACCTACCACGTTCACCGATCAGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992020
ATGGAGTGTGCGAGGCCGAACCGCAGCGACGTCCATTTGAGTGGAGAGGAGGCGGCGAAGGTGGAGGCTGCTGTTCGTGAGCGGTTCGACGCGGCGGCGCCGAAGCGGCACACCAAGCCTCAGCGCAGCGACCACTCCGCCGATTACGCCGATGCTCTCTCATTCGACGATGGAGTTATTCCCGAGTACGCTCAGTTCCAACAGCTCGAGAAGGATACTGAGAAATTGGTTTACTCTGGAAACAAAGTTGCTGAGGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772460.1
MECARPNRSDVHLSGEEAAKVEAAVRERFDAAAPKRHTKPQRSDHSADYADALSFDDGVIPEYAQFQQLEKDTEKLVYSGNKVAEEFTETEYYKDLNCIDKQHHTTGTGFIKVEKTNEKDYIIASESTAECHASSKGNPATNDWIPSPSVKVDFTTEKPNRSDC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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