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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000857

染色体: Chr07 坐标: 6103742-6108402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000857
名称SmilChr07G000857
描述SMR domain-containing protein At5g58720
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6103742 - 6108402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992032
GeneID130992032
locus_tag-
NCBI NameLOC130992032
原始查询SmilChr07G000857

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SMR domain-containing protein At5g58720
产物SMR domain-containing protein At5g58720
ArabidopsisAT5G58720 (AT5G58720)
smr (Small MutS Related) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835986]
identity=42.2; qcov=1.08; evalue=8.7e-110; confidence=medium
RiceOs02g0639700
-
identity=28.8; qcov=0.871; evalue=1.13e-34; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF08590 (DUF1771); PF28508 (UBA_SDE5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057772476.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057772474.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057772473.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772473.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772473.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6104211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B81
Chr7:6104232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr7:6104399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr7:6104417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:6104576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:6104595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr7:6104654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,C15,D6
Chr7:6105035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr7:6105601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,D7
Chr7:6106333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:6106342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr7:6106428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772473.1
495 aa
N
1
248
495
UBA_SDE5
DUF1771
C
PF28508 UBA_SDE5 151-190 aa PF08590 DUF1771 332-395 aa
XP_057772474.1
486 aa
N
1
243
486
UBA_SDE5
DUF1771
C
PF28508 UBA_SDE5 151-186 aa PF08590 DUF1771 323-386 aa
XP_057772475.1
484 aa
N
1
242
484
UBA_SDE5
DUF1771
C
PF28508 UBA_SDE5 151-190 aa PF08590 DUF1771 332-395 aa
XP_057772476.1
458 aa
N
1
229
458
UBA_SDE5
DUF1771
C
PF28508 UBA_SDE5 151-187 aa PF08590 DUF1771 295-358 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772473.1 Pfam PF28508 UBA_SDE5 Domain 151 190 3.8e-20 72.3 SDE5-like, UBA domain
XP_057772473.1 Pfam PF08590 DUF1771 Domain 332 395 1.3e-17 64.6 Domain of unknown function (DUF1771)
XP_057772474.1 Pfam PF28508 UBA_SDE5 Domain 151 186 2.8e-18 66.3 SDE5-like, UBA domain
XP_057772474.1 Pfam PF08590 DUF1771 Domain 323 386 1.3e-17 64.6 Domain of unknown function (DUF1771)
XP_057772475.1 Pfam PF28508 UBA_SDE5 Domain 151 190 3.8e-20 72.3 SDE5-like, UBA domain
XP_057772475.1 Pfam PF08590 DUF1771 Domain 332 395 1.3e-17 64.6 Domain of unknown function (DUF1771)
XP_057772476.1 Pfam PF28508 UBA_SDE5 Domain 151 187 1.5e-17 63.9 SDE5-like, UBA domain
XP_057772476.1 Pfam PF08590 DUF1771 Domain 295 358 1.2e-17 64.7 Domain of unknown function (DUF1771)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091231.1
CCTAACTTTTAGGCGAATTTTTGGGCCACAACCTTTTATGATTCTCTTCCGCGTTAAGAAAATATTTTCAAAATCGCCCCCTTTTGAGCCCTAATTTTTTTCGAATTAGGGGTTCATCATCGATCATTTTCGGAATTTTCGTGTTTATCTTCCTTTGTCTCGTCGAGATTCTTTGTTTCCTCAAATATAGCTCGCTATTTATTGTCAAATAATTGGATCAAACGTCCCAATTTCTGCGTTTCTCTTTTTGGGATGTTGAC...
XM_057916493.1
TCCCCCTAACTTTTAGGCGAATTTTTGGGCCACAACCTTTTATGATTCTCTTCCGCGTTAAGAAAATATTTTCAAAATCGCCCCCTTTTGAGCCCTAATTTTTTTCGAATTAGGGGTTCATCATCGATCATTTTCGGAATTTTCGTGTTTATCTTCCTTTGTCTCGTCGAGATTCTTTGTTTCCTCAAATATAGCTCGCTATTTATTGTCAAATAATTGGATCAAACGTCCCAATTTCTGCGTTTCTCTTTTTGGGATGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992032
ATGACAAGTAGGAAGAAGAAATCAAGAGTCGCTAGGAAGGGAAATGCTGAAACTCTTGCTAAAAGGGCTGGCGAAAATGGACAGAAAGCTATGAGAAATGCGGCGGAAGCGTTTGCTTCGATGTCGCTGGGGGAAGCTCCGACTAGGTCTTCAGAGATCCCTGAAAAAAGTGCAGTGATGGAGGATCAGAGCACGACGTGTTCGAGCTCTAATGGGAGTTATGAAATGGGTTCGAGCTCGAGCTCAAGCTCGAATGCTTC...
LOC130992032
ATGACAAGTAGGAAGAAGAAATCAAGAGTCGCTAGGAAGGGAAATGCTGAAACTCTTGCTAAAAGGGCTGGCGAAAATGGACAGAAAGCTATGAGAAATGCGGCGGAAGCGTTTGCTTCGATGTCGCTGGGGGAAGCTCCGACTAGGTCTTCAGAGATCCCTGAAAAAAGTGCAGTGATGGAGGATCAGAGCACGACGTGTTCGAGCTCTAATGGGAGTTATGAAATGGGTTCGAGCTCGAGCTCAAGCTCGAATGCTTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772473.1
MTSRKKKSRVARKGNAETLAKRAGENGQKAMRNAAEAFASMSLGEAPTRSSEIPEKSAVMEDQSTTCSSSNGSYEMGSSSSSSSNASDIFGLGNGFLQDEFKQKSRAKMKRVVATAGTVSTMLGKDYVRSLPKKGASKTNGFFEQNWSKEEAEQFLCSMLGDDCELSLAVVSDVLCQCGYNLDKALDTLLELSASSNEQPSGYYESTSSEDTQYLLESSENVVDGTSDSTYRSSFVEPDNVWFSGDLFWDNSKISQSSGS...
XP_057772474.1
MTSRKKKSRVARKGNAETLAKRAGENGQKAMRNAAEAFASMSLGEAPTRSSEIPEKSAVMEDQSTTCSSSNGSYEMGSSSSSSSNASDIFGLGNGFLQDEFKQKSRAKMKRVVATAGTVSTMLGKDYVRSLPKKGASKTNGFFEQNWSKEEAEQFLCSMLGDDCELSLAVVSDVLCQCGYNLDKSLLGCTNLRNCHMLFSMARTVLVCAVLQVVDGTSDSTYRSSFVEPDNVWFSGDLFWDNSKISQSSGSCHSSEKVVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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